أكد عدد من الخبراء البيئين ، أن مشروع قناة "الفنكوش" الجديدة والذي أعلنت حكومة الانقلاب أنه أسطورة الأعوام القادمة وحلم الملايين ،أنه سيشكل كارثة بيئية للبحر الأبيض المتوسط. وحذرت دراسة أعدها 18 من خبراء البيئة من أن المشروع سيغير النظام البيئي للبحر الأبيض المتوسط بشكل كبير مما سيشكل تهديدًا على صحة الأفراد، ووفق الدراسة، فإن النظام البيئي للبحر الأبيض المتوسط يعيش حاليًا ظروف بيئية سلبية بسبب تغيير المناخ العالمي، وفي حال إنشاء القناة فإنها ستشكل "هجومًا بيولوجيا" من البحر الأحمر على البحر المتوسط مماثلاً لذلك الذي حدث عام 1869 عقب إنشاء قناة السويس، حيث انتقلت مئات الأنواع من الكائنات البحرية المعروفة فى البحر المتوسط إلى البحر الأحمر. وحذر الخبراء من أن إنشاء القناة سيسرع من فناء المصادر الطبيعية الموجودة في البحر المتوسط، وسيتسبب في حدوث زيادة سريعة للكائنات السامة في البحر المتوسط من ليبيا وحتى اليونان مما يشكل تهديدًا صريحًا لصحة الأفراد، على حد قولهم.