صنف الاتحاد الإفريقي لكرة القدم ال16 منتخبا المشاركين في نهائيات كأس أمم إفريقيا 2013 بجنوب إفريقيا إلى أربعة مستويات. واعتمد الكاف في تصنيفه للمشاركين على نتائجهم في النسخ الثلاث الأخيرة من البطولة. وضم المستوى الأول منتخبات جنوب إفريقيا "البلد المضيف" وزامبيا "حامل لقب" وكوت ديفوار وغانا. أما المستوى الثاني فشمل منتخبات مالي وتونس ونيجيريا وأنجولا، والثالث جاء فيه منتخبات الجزائر وبوركينا فاسو والمغرب والنيجر. المستوى الرابع والأخير، احتوى على منتخبات توجو والكونجو والرأس الأخضر الذي فجر مفاجاة بإطاحته بالكاميرون في التصفيات وإثيوبيا العائدة للمشاركة بعد غياب دام 30 عاما. أصعب المجموعات التي قد تسفر عنها القرعة، قد تشمل كوت ديفوار أو غانا مع تونس أو نيجيريا بجانب الجزائر أو المغرب ومشاركة توجو من المستوى الأخير. أما المجموعة السهلة والتي يتمناها فرق المستوى الأول عامة وجنوب إفريقيا خاصة هى التي قد تضم أحدهم بجانب أنجولا والنيجر والرأس الأخضر أو أثيوبيا.