شهد الجزء الثاني من العقد الأول بالألفية الجديدة سيطرة كاسحة من الأهلي على بطولة دوري أبطال إفريقيا. تفوق ساحق في بطولة 2005، حدث صداما حقيقيا بين الأهلي والزمالك، تأهل الزمالك إلى نصف النهائي باحتلاله المركز الثاني في دور المجموعات برصيد تسع نقاط وبفارق نقطة عن النجم الساحلي التونسي صاحب الصدارة. فيما تصدر الأهلي المجموعة الأولى برصيد 14 نقطة وبفارق ست نقاط عن الرجاء البيضاوي أقرب منافسيه. وانتصر الأهلي على الزمالك في ذهاب قبل النهائي البطولة بهدفين لهدف، جاء هدفي الأهلي عن طريق عماد متعب ومحمد بركات، فيما سجل حازم إمام هدف الزمالك. وفي لقاء العودة كرر الأهلي تفوقه على الزمالك وتغلب عليه بهدفين دون رد، سجلهما محمد بركات ليتأهل الفريق الأحمر لملاقاة النجم الساحلي في النهائي. وسيطر التعادل السلبي على النجم الساحلي في لقاء الذهاب، قبل أن يحقق الأهلي فوزا كبيرا على النادي التونسي في ملعب استاد الكلية الحربية 3 – 0 عن طريق محمد أبو تريكة وأسامة حسني ثم محمد بركات، ليحقق الأهلي بطولته الرابعة. اللقب الأغلى شارك الأهلي في بطولة 2006 رفقة إنبي، ودع الفريق البترولي البطولة سريعا بخسارته في الدور الثاني أمام سانت جورج الإثيوبي بعد تعادله في الذهاب سلبيا وخسارته في الإياب بهدف. فيما وصل الأهلي إلى دور الثمانية دون صعوبة تذكر بسحقه في الدور الأول توسكر الكيني 5 – 0 في مجموع المباراتين، ثم ريناسيمينتو في الدور الثاني ب 4 – 0 في لقاء العودة بعد التعادل سلبيا في الذهاب. وجاء الأهلي في المجموعة الأولى التي ضمت الصفاقسي التونسي وأشانتي كوتوكو الغاني وشبيبة القبائل الجزائري. واحتل الأهلي المركز الثاني في المجموعة برصيد 11 نقطة خلف النادي التونسي صاحب الصدارة ب12 نقطة. وواجه الأهلي أسيك أبيدجان في نصف النهائي وتغلب عليه في الذهاب بهدفين دون رد عن طريق محمد أبو تريكة وعماد متعب، قبل أن يخسر في لقاء العودة بهدفين لهدف سجله أمادو فلافيو في مباراة كادت تطيح بالمارد الأحمر خارج البطولة. وفي النهائي، سجل أبو تريكة هدف التقدم للأهلي في شباك الصفاقسي التونسي، قبل أن يسجل الغاني جونيكس فريمبونج هدف التعادل الذي أحبط الجماهير الحمراء. واقترب النادي التونسي من تحقيق اللقب نظرا لإقامة مباراة العودة على ملعبه. وعلى ملعب رادس استمر التعادل السلبي حتى نهاية الوقت الأصلي بين الفريقين لتبدأ أهازيج الجماهير التونسية قبل لحظات من نهاية المباراة، ومع الدقيقة الثانية من الوقت بدل الضائع سدد محمد أبو تريكة تصويبة قاتلة بيسراه على يمين أحمد الجواشي حارس مرمى الصفاقسي لتنتزع اللقب الإفريقي من بين أحضان النادي التونسي وتعود إلى الأهلي ليحافظ على لقبه ويرفع رصيده إلى خمسة ألقاب. الصدمة في عام 2007، فاجأ الزمالك جماهيره بخسارة مفاجئة أمام الهلال السوداني في دور ال32 بخسارة في الذهاب 2 – 0 قبل التعادل على ملعب استاد القاهرة 2 – 2. فيما تخطى الأهلي هايلاندرز الزيمبابوي في دور ال32، وتغلب في دور ال16 على صن داونز الجنوب إفريقي بالتعادل في لقاء الذهاب 2 – 2 قبل أن ينتصر المارد الأحمر في القاهرة 2 – 0. وفي دور المجموعات، تصدر الأهلي المجموعة الثانية برصيد 12 نقطة متفوقا على الهلال صاحب المركز الثاني ب10 نقاط، فيما جاء أسيك أبيدجان في المركز الثالث ب7 نقاط، ثم الترجي التونسي في المركز الرابع ب5 نقاط. وفي نصف النهائي انتصر الأهلي على الاتحاد الليبي بصعوبة بهدف في لقاء العودة بعد التعادل سلبيا في الذهاب. وفي النهائي، تعادل الأهلي مع النجم الساحلي التونسي في لقاء الذهاب بدون أهداف، قبل أن يخسر الأهلي بشكل مفاجئ على ملعب استاد القاهرة 3 – 1 ليصاب جماهير الفريق الأحمر بصدمة. اللقب السادس تواجه الأهلي والزمالك في بطولة عام 2008 في دور الثمانية بعدما جاء الفريقان في المجموعة الأولى التي ضمت أيضا ديناموز هراري الزيمبابوي وأسيك أبيدجان الإيفواري. فاز الأهلي على الزمالك في لقاء الذهاب بدور الثمانية 2 – 1، سجل للفريق الأحمر أمادو فلافيو وأحمد حسن، بينما جاء هدف الزمالك عن طريق جمال حمزة. وتعادل الفريقان في لقاء العودة بدور الثمانية بنتيجة 2 – 2، سجل هدفي الأهلي فلافيو وأبو تريكة، وسجل هدفي الزمالك جمال حمزة وجونيور أجوجو. وتصدر الأهلي المجموعة برصيد 12 نقطة، بينما حل الزمالك في المركز الأخير بخمس نقاط. وواجه الأهلي أنيمبا في نصف النهائي، وحافظ الأهلي على نظافة شباكه في لقاء الذهاب ليفرض التعادل السلبي على نتيجة المباراة. فيما تغلب الأهلي على إنيمبا في لقاء العودة على ملعب استاد القاهرة بهدف سجله فلافيو. وواجه الأهلي القطن الكاميروني في نهائي البطولة، تغلب الأهلي بهدفين في لقاء الذهاب سجلهما وائل جمعة وفلافيو، وتعادل الأهلي في مباراة العودة مع القطن بهدفين لكل فريق، سجل أحمد حسن وشادي محمد هدفي الفريق الأحمر ليحصد لقب البطولة ويفض الشراكة مع الزمالك صاحب الخمسة ألقاب ويحقق رقما قياسيا. غياب عن منصات التتويج ودع الأهلي بطولة إفريقيا عام 2009 من دور ال32 بعد تعادله في لقاء الذهاب 1 – 1 قبل أن تتلقى شباك الأهلي هدفين في لقاء العودة وحاول الأهلي التعويض وسجل بالفعل هدفين ولكن نهاية المباراة بالتعادل 2 – 2 على ملعب استاد القاهرة صعدت بالنادي النيجيري وحرمت الأهلي من الدفاع عن لقبه. وفي بطولة 2010، وقع الأهلي مع الإسماعيلي في مجموعة واحدة في دور الثمانية مع كل من شبيبة القبائل وهارتلاند النيجري. تصدر شبيبة القبائل المجموعة ب14 نقطة، وجاء الأهلي في المركز الثاني بثمانية نقاط، فيما حل الإسماعيلي في المركز الثالث بست نقاط. واجه الأهلي الترجي التونسي في نصف النهائي، وتغلب عليه بهدفين لمحمد فضل وأحمد فتحي مقابل هدف للنادي التونسي، ولكنه خسر في لقاء العودة بهدف أحرزه مايكل إينرامو، في مواجهة أثارت جدلا كبيرا بعد تسجيل فضل وإينرامو هدفين باليد خلال هذه مواجهتي الذهاب والإياب. في بطولة 2011، شارك الأهلي والزمالك في البطولة وأقصي الزمالك من دور ال32 أمام الإفريقي التونسي بخسارته في لقاء الذهاب 4 – 2 وفوزه في العودة 2 – 1 وهو ما لم يشفع له لمواصلة المشوار الإفريقي. فيما تأهل الأهلي إلى دور الثمانية متخطيا سوبر سبورت الجنوب إفريقي بنتيجة 2 – 1 في مجموع المباراتين. قبل أن يتغلب الأهلي في دور ال16 على زيسكو سبورت التنزاني 1 – 0 في لقاء الإياب بعد التعادل السلبي في الذهاب. وفشل الأهلي في التأهل من المجموعة الثانية التي ضمت كل من الترجي التونسي والوداد المغربي ومولودية الجزائر بعد احتلاله المركز الثالث برصيد 7 نقاط وهو ذات رصيد الوداد صاحب المركز الثاني إلا أن فارق الأهداف صعدت بالفريق المغربي رفقة الترجي التونسي صاحب الصدارة بعشر نقاط.