اتهم الدكتور عبد القادر محمد، الأستاذ بكلية العلوم بجامعة الأزهر وعضو الجمعية العالمية لمحبي أبناء الأزهر، الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر بالتواطؤ مع الإخوان المسلمين ومنع 5 ممثلين للمؤسسة الدينية من الانسحاب من الجمعية التأسيسية لوضع الدستور مقابل إقرار المادة الرابعة التي تضمن بقاء الإمام الأكبر في منصبه مدى الحياة ومنع عزله. وقال عبد القادر ل"الوطن": "إن الأزهر تحول من الموقف الثوري بعد الثورة إلى عدم الاندفاع بعد تولي الرئيس محمد مرسي مقاليد الحكم. فالأزهر اعترض صراحة على الإعلان الدستوري الذي أصدره المجلس العسكري، كما حاول وفد من مشيخة الأزهر منع الصدام بين المتظاهرين والأمن فى محمد محمود بمباركة من أحمد الطيب. وأضاف: "اختلف الموقف في عهد مرسي، حيث أعلن الأزهر أن الموجودين في محمد محمود بلطجية، مشيرًا إلى أن الأزهر التزم الصمت بعد الإعلان الدستوري الذي أصدره الرئيس، وأدى إلى سقوط ضحايا وجرحى في المحافظات، واكتفى الأزهر بمناشدة الرئيس باحترام سيادة القانون وإجراء حوار مع القوى الوطنية. من جانبه، قال الدكتور محمد الشحات الجندي، عضو مجمع البحوث الإسلامية، إن هناك تربصا بقيادات الأزهر من جانب التيارات الدينية ولذلك تعامل الأزهر بحذر لتفويت الفرصة على الإخوان لتصفية الحسابات مع الدكتور أحمد الطيب والسيطرة على المؤسسة الدينية، ونجح ممثلو الأزهر في التأسيسية في تمرير المادة الرابعة بالدستور والتي تؤكد على استقلال الأزهر وعدم عزل شيخه، مما يضمن بقاء الطيب في منصبه مدى الحياة، بالإضافة لعدم وجود مبرر للانسحاب.