اتهمت حركات "أزهرية" معارضة جماعة "الإخوان"، تمرير الدستور الجديد عبر "التواطؤ" مع قيادات الأزهر، لإحداث مواءمة سياسية على حساب مستقبل المؤسسة الدينية، من أجل إقرار المادة الرابعة الخاصة بالأزهر، مقابل الإبقاء على الدكتور أحمد الطيب في منصبه مدى الحياة، نظير عدم انسحاب الوفد الأزهري من "التأسيسية". وقال الدكتور يحيى حبلوش أمين "جبهة علماء الأزهر" ل"الوطن": "على جثتنا، تمرير المادة الرابعة والاستفتاء عليها، خاصة أن "الإخوان" رفضوا طلبنا بتحديد جلسات استماع لنا، لتوضيح حقيقة الأمور في الأزهر، ولم نلق منهم سوى لغة التعالي، وهذا للأسف على حساب المؤسسة، فالمواد المعدلة، والمادة الرابعة في الدستور جرم كبير في حق الأزهر والأزهريين". ومن جانبه، قال الشيخ عبد العزيز النجار مدير الدعوة بمجمع البحوث الإسلامية: "إن خروج الدستور بهذا الشكل سيشعل حربا سياسية، خاصة أنه تم "سلقه" في ساعات، وبذلك ستدخل البلاد في نفق مظلم، وكان من الأولى أن يطالب الرئيس مرسي "التأسيسية" بالتمهل وعدم التعجل، حتى يتم التوافق الوطني على الدستور الجديد"، معتبرا أن "إصدار دستور بهذا الشكل المعيب ليس مخرجا من مأزق الإعلان الدستوري". وأضاف النجار أن "أعضاء التأسيسية لم يفهموا الفارق بين البابا، وشيخ الأزهر، فالبابا أب روحي، بينما الشيخ عالم دين، ولا يوجد في الاسلام كهنوت، وبالتالى اعترضنا على بقاء شيخ الأزهر في منصبه مدى الحياة، لأنه قد يصاب بأمراض الشيخوخة، وليس في مصلحة المؤسسة بقاءه حتى الرمق الأخير". ومن جهته، قال الشيخ عادل جمعة، أحد العاملين بمكتب خدمة المواطنين في المشيخة سابقا، إن المادة الرابعة من الدستور تم "تفصيلها" خصيصا من أجل الإبقاء على شيخ الأزهر، وذلك بمواءمة سياسية مع "الإخوان"، في نظير الحصول على دعم المؤسسة الدينية للدستور وللتدابير التي تتخذها الجماعة.