احتشد الملايين في شوارع مصر، يرددون هتافات تطالب بإسقاط حكم الإخوان، وبعد ثلاثة أيام من التظاهر نجحت ثورتهم، لتتباين ردود الفعل الدولية، وفي ظل ترحيب عربي كبير بالثورة الشعبية، اختارت دولة وحيدة أن تكون ضد الشعب وإرادته، ليبدأ بعدها مسلسل عدم الاستقرار في العلاقات الثنائية، وسحب السفراء بين مصر وقطر. برزت أول مواقف قطر المناهضة لثورة 30 يونيو عندما أكدت مصادر أن السفير سيف بن مقدم البوعينين سفير قطر لدى مصر، غادر بشكل مفاجئ قبل يوم واحد من إسقاط حكم الإخوان، عائدًا إلى بلاده، رافضًا الإدلاء بأي تصريحات صحفية حول أسباب سفره، وذلك بعد أن أقام عدد من المصريين دعوة قضائية للمطالبة بطرد السفير القطري من مصر، بسبب دور قطر في دعم حكم الإخوان. وفي 4 سبتمبر 2013 غادر السفير القطري البوعينين مرة أخرى، حيث أنهى، إجراءات سفره من صالة كبار الزوار، وغادر على الطائرة القطرية المتجهة إلى الدوحة، بحسب ما ذكرت بعض وسائل الإعلام في ذلك الوقت. بضعة أشهر وقررت مصر سحب سفيرها هي الأخرى من قطر واستدعائه للتشاور، بعد أن سحبت كل من المملكة العربية السعودية ودولة الإمارات ومملكة البحرين سفرائها من الدوحة، وذلك احتجاجًا على دعم قطر للإخوان، وسياسة قناة "الجزيرة" القطرية المحرضة ضد مصر، وذلك في بداية شهر فبراير عام 2014، بحسب ما أعلنت مصادر من وزارة الخارجية. عاودت قطر سحب سفيرها مرة أخرى، وذلك ردًا على سحب مصر لسفيرها في بداية شهر فبراير 2014، ليعود إلى مصر بعد غيابه بشهر، في الوقت الذي أكد فيه المتحدث باسم وزارة الخارجية، بدر عبدالعاطي، عدم عودة السفير المصري لقطر، وأن هذا القرار يأتي لأسباب موضوعية من بينها استمرار التدخل في الشأن الداخلي للبلاد، وعدم تسليم المصريين المطلوبين جنائياً لمحاكمتهم، فضلاَ عما تبثه قنوات فضائية من أكاذيب وافتراءات تتعلق بتطورات الأوضاع في البلاد. لم يمض سوى 13 يومًا فقط على تواجد السفير القطري في القاهرة، حتى تم سحبه مرة أخرى، ثم عاد مع تنصيب الرئيس عبدالفتاح السيسي، في منتصف شهر يونيو، وغادر بعد حضوره الحفل إلى اليونان، ليعود بعدها للمرة ثالثة لممارسة مهامه بصفة منتظمة. الحلقة الأخيرة من مسلسل استدعاء السفير القطري، ومغادرته للقاهرة كانت أمس، عندما استدعت قطر سفيرها من القاهرة، وذلك احتجاجًا على اتهام المندوب المصري لدى الجامعة العربية، لدولة قطر بدعم الإرهاب ومساندته، بعد أن تحفظت الأخيرة على فقرة ببيان الجامعة العربية حول "حق مصر في الدفاع الشرعي عن نفسها"، والتي كشفت عن موقفها الداعم للإرهاب.