نفى الدكتور سعد الدين إبراهيم مدير مركز ابن خلدون للدراسات الإنمائية، ما تردد عن كون المركز هو الداعم الحقيقي للتظاهر يوم 24 أغسطس لحل جماعة الإخوان المسلمين. وقال إبراهيم، إن اختلافي مع جماعة الإخوان المسلمين في الفكر لا يعني أن أقوم بحشد لعمل لمليونيات ضدهم، لأن هذا ليس من سلوكي، مؤكدا أن المركز لم يصرف "مليما" واحدا في الدعوى لمليونيات المنصة. وأوضح مدير مركز ابن خلدون، أنه كان متعاطفا مع الفريق أحمد شفيق وأعلن تأييده له ولكنه لم يقدم أي دعم معنوي ولا مادي لحملته، وما تردد عن وجود اجتماعات للفريق القانوني للحملة بمقر مركز ابن خلدون بالمقطم ليس صحيحا، وإنما كان هناك مجموعة من الجهاديين هم من اجتمعوا وأعلنوا تأييدهم لأحمد شفيق وفهم خطأ أنه المركز. وأشار ألى أن الجهاديين اختاروا مركز ابن خلدون لدوره البارز معهم منذ أن كانوا معتقلين في السجون في النظام السابق.