اتهم نبيل نعيم زعيم تنظيم الجهاد السابق، جماعة التكفير والجهاد في بالوقوف وراء اعتداءات سيناء، التي أودت بحياة 15 ضابطا وجندياعلى الحدود المصرية. وأوضح نعيم، في تصريحات ل"الوطن"، أن هذه الجماعة "عملت تحت لواء الدكتور خالد مساعد، الزعيم الجهادي، إلا أنها انفصلت عنه، واتصلت بمجموعات الفيوم التكفيرية، خصوصًا جماعة "الشوقيون"، وتحولوا من فكر الجهاد التقليدي، إلى فكر التكفير، وأطلقوا على أنفسهم جماعة (التكفير والجهاد)". وتوقع نعيم أن تكون هذه الجماعة مخترقة من الموساد الإسرائيلي، نافيًا في الوقت ذاته ارتباطها بتنظيم الجهاد المصري. وقال "إسرائيل تريد اثبات أن سيناء غير مستقرة أمنيًا، ليكون ذلك مبررًا في اتخاذ مزيد من الإجراءات الأمنية لحماية أمنها وكيانها، بفرض شريط حدودي داخل الأراضي المصرية، كما حدث في لبنان، الأمر الذي يهدد سلامة الأراضي المصرية". وأضاف نعيم، أن محاولة هذه المجموعات توريط مصر في صراع مع الدولة العبرية يعد "سذاجة سياسية" لأن مثل هذه الأفعال "لا يمكن أن يدفع إسرائيل لاتخاذ قرار بالحرب مع مصر، لأن هذا القرار يتخذ بناءً على خطط إستراتيجية، ولا يأتي كرد فعل لأي أحداث". وأعتبر نعيم أن ارتباط جماعة "التكفير والجهاد" بتنظيم القاعدة، مجرد "ارتباط إعلامي"، لا يصل إلى التنسيق المتبادل بين الطرفين، لافتًا إلى أن أيمن الظواهري أكد في تصريحاته مؤخرًا أن "القاعدة لن تستهدف دول الربيع العربي"، في انتظار ما ستسفر عنه الأحداث المقبلة.
