تم التوافق حول المادة الخامسة التى تنص على التزام المحافظ بإصدار الترخيص ببناء الكنيسة فى غضون أربعة شهور، وإذا لم يردّ فى غضون هذه الفترة فالعرف يقول بأنه يُعتبر موافقاً، وإذا رفض لا بد أن يكون الرفض مسبباً، أى يذكر سبب الرفض، والاعتبارات الأمنية ليست من بين أسباب الرفض، والسبب لا بد أن يكون موضوعياً، وهنا فسوف يدور الرفض ما بين عدد المسيحيين فى المنطقة ومدى حاجة المنطقة إلى وجود كنيسة، وهنا نعود إلى ما تم تسجيله فى مضبطة المجلس على لسان رئيس لجنة الشئون الدستورية والتشريعية، ومقرر اللجنة، من أن عدد السكان المسيحيين هنا يعنى أى عدد حتى لو فرد واحد، وأن الرئيس الدينى هو من يقرر مدى حاجة المنطقة إلى الكنيسة من عدمها، وبالتالى فإن ما تم تسجيله فى المضبطة بشأن لمادة الثانية قد أنهى إمكانية اللف والدوران فى هذه المادة وفى المادة الخامسة، فالفيصل سيكون القضاء الإدارى الذى سيعود إلى مضبطة الجلسة لمعرفة ماذا كان يقصد المشرّع بالعدد والحاجة.
ومن بين المواد التى أثارت جدلاً شديداً فى القاعة، المادة السابعة التى تنص على مراعاة شئون الأمن القومى والدفاع عن البلاد عند بناء الكنائس، فرد ممثل الحكومة بالقول إنه نص تقليدى يعنى الابتعاد عن المناطق العسكرية ومراعاة الارتفاعات بالقرب من المطارات وغيرها من الشروط التقليدية الخاصة بهذا المجال. وكان الرد من جانب الفريق المطالب بحذف هذا النص أن هذا الشرط أو النص موجود فى مواد قوانين البناء، ومن ثم فلا مجال لذكره فى القانون الخاص ببناء الكنائس، وكان رد ممثل الحكومة أنه لا ضرر من وجود النص لا سيما أنه نص تقليدى فى كافة قوانين البناء.
نأتى بعد ذلك إلى المواد الخاصة بتقنين أوضاع الكنائس القائمة، وهو موضوع هام وحساس للغاية، نظراً لأن أكثر من نصف كنائس مصر القائمة اليوم لا يمتلك ترخيصاً رسمياً، فهى إما مقامة منذ قرون طويلة بعضها يرجع إلى القرن السادس الميلادى، حيث لم تكن هناك تصاريح أو تراخيص للبناء، أو أن الأوراق بالكامل موجودة بحوزة جهاز مباحث أمن الدولة، فقد كان مندوب الجهاز يحصل على أوراق الترخيص ويبلغهم ببدء العمل فى إنشاء الكنيسة دون أن يمنحهم الترخيص الرسمى أو يرد لهم الأوراق، وهى لعبة تقليدية كان الجهاز يمارسها تجاه عملية بناء الكنائس حتى يمسك بيده أوراق ضغط تجاه الكنيسة والقائمين عليها. كانت الكنيسة تطالب باعتبار كل الكنائس التى تمت فيها ممارسة الطقوس مرخصة، بينما اقترح ممثل جهة سيادية هامة استعان به ممثل الكنيسة معتقداً أنه سوف يكون إيجابياً لمجرد أنه زامله فى مشروع دستور الإخوان ثم دستور 2014، اقترح فحص كل حالة بمفردها والنظر فى منح الترخيص من عدمه، هنا شعرت الكنيسة بخطورة الموقف، فكان البيان الغاضب، وكانت الدعوة إلى انعقاد المجمع المقدس بكل ما تحمله دعوة الانعقاد من دلائل ورسائل، وهو الأمر الذى تلقفه الرئيس عبدالفتاح السيسى طالباً من رئيس الوزراء فحص طلبات الكنيسة والتعاطى معها بشكل إيجابى، فكان النص على أن تُعتبر كل الكنائس التى تمارس فيها الطقوس عند صدور القانون مرخصة، وهو الأمر الذى يعنى الترخيص التلقائى لكل الكنائس القائمة بشرط التأكد من سلامة الإنشاءات، وهو نص إيجابى، وإن ظل التساؤل قائماً حول مصير الكنائس المغلقة بقرار أمنى، وهى كنائس قائمة ومستوفية الشروط، ولكنها مغلقة بقرار أمنى.