قالت جماعة الجهاد الإسلامية المصرية أن ماتتداوله وسائل الإعلام العربية والعالمية بشأن تورط جهاديين في أحداث رفح محض إفتراء وأن الجماعة لا علاقة لها بالحادث وأنها رغم الظلم الذي تعرضت له -حسب البيان- فإنها لم تعلن يوما الجهاد ضد الجيش المصري وأنها لن تقتل جنود مسلمين صائمين. وأعربت الجماعه عن إستنكارها الحادث وحزنها علي الضحايا متقدمتا بالتعازي إلي أسرهم ومطالبتا الرئيس مرسي بالقصاص لهم. وإعتبرت الجماعه أن الحادث محاوله دنيئه لإلهاء الشعب بل والعالم إزاء جرائم المجلس العسكري التي تدار داخل مصر ولتشويه الحركة الإسلامية.