استنكر مركز ابن خلدون ما تم ترويجه فى وسائل الإعلام، عن لقاء الرئيس مع منظمات المجتمع المدني، مشيرًا، أنه لم تتم الدعوة للمركز إلى أى اجتماعات أو لقاءات مع الرئاسة. و قال المركز، في بيان له ، أن هذا الاجتماع اقتصر فقط على الجمعيات الخيرية والمؤسسات الحكومية ذات الطابع الديني، منتقدا عدم توجيه الدعوة لمؤسسة بحجم مركز ابن خلدون، وهو أقدم مركز دراسات إنمائية، ومن أكبرهم على صعيد الشرق الأوسط منذ إنشائه عام 1988، وأضاف "فبمن اجتمع الرئيس إذاً" بحسب ما جاء بالبيان . وقال المركز "ننظر بعين القلق تجاه اقتصار رؤية منظمات المجتمع المدنى فى إطارها الخيرى والدينى فقط"، داعيا مؤسسه الرئاسة إلى اجتماع حقيقى مع جميع أشكال منظمات المجتمع المدني، وألا تقتصر على الجمعيات والمؤسسات الدينية.