عاش البابا تواضروس أسبوعًا عصيبًا بين اختيارين؛ الموافقة على قانون بناء الكنائس ورفضه، فبعد كتابة النسخة النهائية من القانون والموافقة على البنود الخلافية، بتدخل من مؤسسة الرئاسة، خرج الأنبا بولا ليزف للأقباط أن الكنيسة وافقت على القانون، وسوف ينقل إلى البرلمان ليقره فى دورته المنعقدة حاليًا، ليكلل مجهودًا بذل بين إياب وذهاب، للوزير العجاتى، وبين تدخل جهات أمنية وتعديلات ورجوع إلى الأنبا بولا ورفضه لبعض النقاط، لينتهى المطاف إلى التوافق. ولكن كما يقول المثل المصرى «يا فرحة ما تمت»، فقد اجتمع الأنبا بولا مع جهات أمنية، ليتم تعديل وتغيير بعض المواد المتفق عليها مسبقًا، ويغضب ويعترض الأنبا بولا وينسحب ويترك الأمر برمته فى يد البابا، لأنه المخول الوحيد لاتخاذ قرار نهائى وحاسم، وهنا يخرج البابا ببيان شديد اللهجة ليعبر عن استيائه مما يحدث، وتصل الرسالة إلى صانعى القرار وترجح بعض المصادر المقربة أن البابا كان يفكر فى أن يظل فى الدير، ويعتكف ليعبر عن غضبه وحزنه، ولكن كالعادة كانت مؤسسة الرئاسة الطوق الذى أنقذ الموقف حتى لا تصل الأمور لذروتها، وبالفعل توجه الأنبا بولا لمقابلة رئيس الوزراء ومناقشة ما حدث ليتم تغيير وتعديل المواد الخلافية التى أساءت استياء الأقباط، وبالفعل توجت المقابلة بالتوافق إلى حد ما، وبعد رجوع الأمر للبابا مرة أخرى تحدد موعد مع رئيس الوزراء، ومع البابا الذى عقد اجتماع للمجمع المقدس صباح اليوم التالى للزيارة، وتوجه البابا بمفرده بدون أى فرد من سكرتاريته أو الأنبا بولا المسئول عن الملف، وبعد انتهاء المقابلة عاد البابا، ليدخل اجتماعًا مصغرًا من 3 أساقفة هم الأنبا بولا والأنبا دانيال والأنبا رافائيل. وصرح مصدر مقرب من البابا بأن تواضروس ناقش الأمر مع الأساقفة واتفقوا على بعض النقاط ليعرضوها على المجمع المقدس لإبداء الرأى فى القانون والتصويت عليه بالموافقة أو الرفض. وأضاف المصدر «بعض ممثلى حزب المصريين الأحرار حضروا وقدموا مشروع قانون موازيًا لقانون الدولة، ولكن تم رفضه من الكنيسة، وفى اليوم التالى اجتمع المجمع المقدس وناقش الأمر، وفى النهاية وافق المجمع على القانون وتوجه الأنبا بولا لمقابلة المسئولين ومناقشة بعض الأمور التى اعترض عليها المجمع، وبعد مناقشات تم تغيير بعض العبارات وحدث التوافق أخيرًا، ووقع رئيس الوزراء على الصورة النهائية للقانون». يذكر أن «الصباح » انفردت بنشر مشروع قانون بناء الكنائس الذى سيصدر وتضمن عدة بنود منها أنه ليس للأمن دور مباشر أو غير مباشر فى التصاريح بناء الكنائس، بالإضافة لوضع إطار زمنى لكل مراحل القانون، كما أعطى مشروع القانون الحق للكنيسة فى اللجوء إلى القضاء الإدارى فى حال رفض طلب بناء. كما سيتم حذف الفقرة الثانية من المادة الثانية من مشروع القانون المقدم من الحكومة،الأمر الذى يعنى عدم التدخل فى تحديد مساحة الكنيسة مع مراعاة خضوع بناء الكنائس لقانون البناء العام فى الدولة، وتم التأكيد على إلغاء المادة الثامنة الخاصة بجواز ممارسة الأنشطة داخل الكنائس، والتى ترى الكنيسة أنها تمثل عائقًا أمام ممارسة الشعب القبطى للأنشطة التى توفرها لهم. بالإضافة إلى إلغاء جميع المواد الخاصة بتقنين الكنائس التى تمارس بها الشعائر الدينية قبل إصدار القانون.