رغم ديانته المسيحية إلا ان ولائه لجماعة الإخوان المسلمين لايمكن مقارنته بالانتماء حتى لديانته ،مما يزيد من التناقضات التي تحيط بشخصيته ،ففي الوقت الذي يقدم فيه نفسه على أنه مناضل فلسطيني نراه أحد المؤيدين للأفكار التي تخدم مصالح الكيان الصهيوني ،وبدلا من أن ينتقد تل أبيب فقد تفرغ في الآونة الأخيرة للهجوم على النظام الحالي في مصر. واللافت أن بشارة أعد دراسة تحت عنوان "معنى إعلان جماعة الإخوان جماعة إرهابية" أكد خلالها أن مستقبل الصدع العميق الذي ضربَ المجال السياسيّ المصريّ في المرحلة الانتقالية و قرار الحكومة المصرية بإعلان الإخوان" جماعة إرهابية، بمثابة المسمار الأخير في نعش أى تسوية سياسية يمكن أن تصل إليها الأطراف المتصارعة في مصر. وقال إن جماعة أنصار بيت المقدس السلفيّة التي تنتشر في مدن شمال سيناء وقراها، تحظى بدعمٍ قبلي ومحلي هناك، وحاول بشارة من خلال دراسته أن ينفي وجود أي صلة بين أنصار بيت المقدس والإخوان المسلمين حيث قال إنه على الرغم من إعلان جماعة أنصار بيت المقدس التي تُعدّ خصمًا أيديولوجيًّا لجماعة الإخوان وسبق لها أن كفّرت الرئيس المعزول محمد مرسي، مسئوليتها عن استهداف مديرية أمن المنصورة، استغلّت الحكومة المصريّة المُعيّنة الحادث من أجل اتّخاذ خطوة جذرية ذات أبعاد خطيرة، وهي اتّهام جماعة الإخوان بالمسئولية عن التفجير، ولتصنّفها بناءً عليه جماعةً إرهابيّةً في الداخل والخارج، في قرارٍ يهدف إلى القطع كليًّا مع الجماعة وإقصائها عن المجال السياسي، واستئصالها من المشهد السياسي. ووصف بشارة النظام المصري الحالي بأنه استبدادي ووصف قادته ب "العسكر" مستخدما في ذلك كل مصطلحات الإخوان بعد الإطاحة بهم حيث قال في دراسته " لقد كان قرار إعلان الإخوان المسلمين جماعةً إرهابيّةً نتيجةً طبيعية ومتوقّعة لمسار النظام الاستبدادي الذي يديره العسكر، ويضمّ خليطًا من شخصيات محسوبة على الحزب الوطني القديم، وشخصيات أخرى من المعارضة التقليدية التي يمكن عدّها جزءًا من النظام القديم، بما فيها قوى قومية وإسلامية ويسارية، وهي التي فوجئت بثورة 25 يناير، ولم تقتنع يومًا بمبادئها؛ والتي لم تراجع يومًا موقفها من الديمقراطية؛ فالنظام الحالي يستمدّ شرعيته أصلًا من معاداة الإسلاميين. وعمل منذ مجيئه على تحويل الانتماء إلى الإخوان تُهمة، قبل أن ينتقل إلى المرحلة التالية التي يمتلك بموجبها سلطة تحديد من هو الإخواني وتعريفه، كما أعلن القرار الجديد. ولكنّه في الحقيقة يعمل بصورة منهجية على تصفية منجزات ثورة 25 يناير، بما في ذلك دور نشطائها الشبّان من حركة 6 أبريل وغيرهم". واستمر في هجومه على النظام الحالي مدعيا أن ثورة 30 يونيو جاءت لتمحي مكاسب ثورة 25 يناير حيث قال في دراسته "لقد كان من أهمِّ نتائج ثورة الخامس والعشرين من يناير تقييد قانون الطوارئ الذي حكم البلاد لأكثر من ثلاثين عامًا، وجرى خلاله تبرير آلاف المحاكمات العسكريّة ضدّ المواطنين المصريين في عهد مبارك؛ بحيث أصبح من غير الممكن تمديد حالة الطوارئ لأكثر من شهر إلا بموافقة أغلبيّة أعضاء مجلس الشعب ،لكن النظام العسكري أبى إلا أن يطيح هذا الإنجاز؛ إذ عبر إقرار قانونيْن جديدين، هما: قانون التظاهر الذي أقرّه الرئيس المصريّ الموقّت عدلي منصور وتفعيل قانون الإرهاب ذي الطبيعة الاستثنائيّة بإعلان جماعة الإخوان المسلمين جماعةً إرهابيّة، وهو مامنْح السلطة القائمة الصلاحيات القصوى في ملاحقة المعارضين واعتقالهم وتقديمهم إلى محاكمات عسكريّة". ولم يكتفي بشارة بهذه الدراسة فحسب بل هاجم الرئيس عبد الفتاح السيسي عبر القنوات الفضائية واتهمه بمشاركة إسرائيل في حصار غزة , وعلى الرغم من أن بشارة يقدم نفسه على أنه أحد المناضلين الفلسطينيين الذي يعاني حاليا ويلات الملاحقة الأمنية الإسرائيلية مما دفعه للهروب إلا أن البعض يراه خائنا لاسيما وانه أقسم بالولاء لدولة إسرائيل وأن يخدم الكنيست بعد فوزه بالانتخابات العامة الإسرائيلية ثلاث مرات حتى وإن كان نائبا عن عرب إسرائيل ،كما يرى البعض أن وجوده في قطر ما هو إلا صفقة مشبوهة بين الكيان الصهيوني والدوحة ليعيش هناك معززا مكرما وما يعزز هذا الاحتمال هو وجود علاقات قوية بين تل أبيب والدولة الخليجية الصغيرة , ووفقا للمحللين فإن بشارة من أكبر دعاة التعايش مع العدو الإسرائيلي، وشهد على ذلك سجله الحافل بالإدانات للعمليات الاستشهادية وبدعوات التفاهم مع الرأي العام الإسرائيلي. وهو ما أكد عليه غداة الانسحاب الإسرائيلي من لبنان علناً، وإن كان قد زاد من هجومه اللفظي على إسرائيل مع بداية الانتفاضة، كما يفعل بشارة دائماً كنوع من الدعاية السياسية . ويراه المتابعون أيضا أنه مهندس تطوير وتوطيد العلاقات القطرية الإسرائيلية، والمروج الأكبر لفكرة انسلاخ قطر عن العالم العربي والانضمام لمنظومة إقليمية جديدة تقودها إسرائيل ضمنا وقطر علنا. دفاع بشارة المستميت عن الإخوان وسياسات قطر دفع كل من يعرف حقيقة الجماعة إلى الهجوم عليه ومن بين هؤلاء الفريق ضاحي خلفان المعروف بكرهه العميق للإخوان ،حيث دعاه للعودة إلى الكنيست الإسرائيلي قائلا: "عزمي بشارة.. أنا رجل أمن .... ما عاد لك قبول لدى الخليجيين.. ارجع من حيث أتيت.. عزمي بشارة عد الى الكنيست الإسرائيلي وقل لهم الخطة تفركشت هيا يا عزيزي.. غادر الخليج العربي غير مأسوف عليك.. المكان الصحيح لعزمي بشارة في الكنيست الإسرائيلي." ونظرا لانخفاض مشاهدة قناة الجزيرة بشكل كبير عقب إنحيازها للإخوان بدأ بشارة التحرك لإنقاذ الآلة الإعلامية القطرية بإنشاء قناة إخبارية جديدة، يطلق عليها اسم "التغيير"، وتنطلق من لندن، مع جريدة العرب الجديدة، التي أصدرتها قطر برئاسة تحرير الصحفي المصري وائل قنديل، المقرب من نظام الرئيس المعزول محمد مرسى. وتردد أنه تواصل مع عدد كبير من السياسيين المفكرين العرب فى فلسطين، من أجل جذبهم للعمل معه في القناة الجديدة، مقابل مبالغ مالية طائلة، بعد رفض مثقفين عرب كثيرون التعاون معه لتجميل صورة السياسة القطرية، عقب ما تعرضت له، نتيجة هجوم دول عربية كثيرة عليها، بعدما علم الجميع بدورها المشبوه فى ثورات الربيع العربى. وخصصت قطر نحو 354 مليون دولار موازنة مبدئية للقناة الجديدة، وقدمت المبلغ على هيئة هبة أو منحة تأسيس للفضائية التي يشرف عليها بشارة مع المذيع" السوري " فيصل القاسم. يذكر أن بشارة مدير المركز العربي للأبحاث ودراسة السياسات، وعضو مجلس الإدارة في المركز. وهو باحث وكاتب نُشرت له عدّة كتب ومؤلّفات في الفكر السياسيّ، والنّظريّة الاجتماعيّة، والفلسفة، إضافة إلى بعض المؤلّفات الأدبيّة. عمل أستاذًا للفلسفة والدراسات الثقافيّة في جامعة بيرزيت بين عاميْ 1986 و1996. كما ساهم في تأسيس مراكز بحثيّة في فلسطين، منها: المؤسّسة الفلسطينيّة لدراسة الديمقراطيّة (مواطن)، ومركز مدى الكرمل للدّراسات الاجتماعيّة التطبيقيّة. وقد كان الدكتور عزمي بشارة المؤسّس الرئيس للتّجمع الوطنيّ الديمقراطيّ، وهو حزب سياسيّ عربيّ يعمل داخل الخطّ الأخضر في فلسطين، يقوم برنامجه على القيم الديمقراطيّة بغضّ النّظر عن الدين والعرق والهويّة القوميّة. ومثّل بشارة التجمّع في البرلمان، وفاز في الانتخابات في أربع دورات متتالية بين عام 1996 وعام 2007. وفي عام 2007، وصلت ملاحقة بشارة السياسيّة في إسرائيل أوجها؛ ما اضطرّه إلى الخروج إلى المنفى بعد ملاحقته إسرائيليًّا بتهمٍ أمنيّة. حاز جائزة ابن رشد للفكر الحرّ عام 2002، كما حاز جائزة حقوق الإنسان من مؤسّسة Global Exchange في الولاياتالمتحدة عام 2003. أنجز بشارة شهادة الدكتوراه في الفلسفة عام 1986 في جامعة هومبولدت في برلين، وحاز شهادة الماجستير من الجامعة نفسها عام 1984.