معهد واشنطن يتهم القوات المسلحة بمخالفة القواعد السكرية من أجل تنصيب السيسى رئيسا كارنيجى يرى أن مصر تمر بأسوأ فترة فى تاريخها ويجب وقف المعونات والمساعدات عنها فورا في الوقت الذي اهتمت فيه وسائل الإعلام والمنظمات الحقوقية بما يحدث في الداخل المصري كانت مراكز الأبحاث لديها نظرة أكثر عمقا حيث تابعت التحركات الخارجية للرئيس المصري وما قد تسفر عنها من نتائج قد تغير السياسة العالمية وتساهم في ترسيخ النظام الجديد مما يؤكد أن المعهد يبحث عن المصالح الإسرائيلية الأمريكية ضد مصر. وقال معهد واشنطن لدراسات الشرق الأدنى إن الصفقات العسكرية والاقتصادية التي أبرمها الرئيس المصرى خلال زيارته الأخيرة لروسيا قد تسهم في إضعاف الميزة العسكرية النوعية لإسرائيل بمنطقة الشرق الأوسط ليكون هذا الأمر محل جدل في العلاقات الأمريكية المصرية. وكان المعهد قد شكك في المسار الديمقراطي في مصر حيث قال 25 جنرالا كانوا يحكمون مصر في أعقاب ثورة 30 يونيو مع وزير الدفاع حينها عبد الفتاح السيسي وهم الذين وافقوا على ترشحه بعدما قام بعمل تغييرات في المجلس خلال شهر مارس وهو الأمر الذي يعتبر مخالفا لقواعد القوات المسلحة المصرية التي تقوم بعمل التغييرات مرتين في العام الأولى في يناير والثانية في يوليو . أما معهد كارنيجي لدراسات الشرق الأوسط فقد حرض الشعب المصري من خلال تقاريره ضد السلطة الجديدة التي تسعى وفقا لرأيه لتمديد نطاق نفوذها واستبدادها بدواعي حماية الأمن القومي ومكافحة الإرهاب ،مطالبا إياه بعدم القبول بالتضحية بالحريات مقابل بسط الاستقرار والأمن وزعم المعهد أن مصر تشهد أسوأ فترة في تاريخها الحديث من ناحية تفاقم العنف وعدم الاستقرار, وأكد التقرير أن هناك حاجة إلى تبني استراتيجية مختلفة؛ للحد من التوتر السائد في مصر بعد ما أسماه بالانقلاب. وأضاف أن مصر الآن تعاني من أسوأ موجة من انتهاكات حقوق الإنسان في تاريخها الحديث بعد مرور ثمانية أشهر من الانقلاب العسكري على الرئيس المنتخب محمد مرسي. ووصف المعهد أحكام الإعدام بحق 528 معارضا مصريا بأنها الأعلى في تاريخ مصر، وبأنها تدل على عمق الأزمة السياسية التي وقعت فيها القاهرة بعد ثورة 30 يونيو وادعى المعهد أن وعود المسئولين المصريين بجلب الاستقرار لم يحدث سوى عكسها؛ فمصر الآن أكثر عنفا وأبعد استقرارا مقارنة بفترة ما قبل ما أسماه بالانقلاب، كما أن القمع الذي تنتهجه الحكومة يؤدي إلى المزيد من العنف، وليس هناك أي مؤشر على أن الأمور ستستقر في المستقبل القريب. واللافت أن المعهد الذي نشأ في أمريكا افتتح مركزا له في الدوحة وأنشأ عدد من المشروعات التي تمهد للتدخل القطري في الشأن العربي عامة والمصري خاصة ومن أهم المشروعات التي يقوم بها مشروع "التحولات العربية" وهو مبادرة مشتركة لمدة ثلاث سنوات بين مركز بروكنجز الدوحة ومركز التنمية و الديمقراطية وسيادة القانون في جامعة ستانفورد ،ويهدف هذا المشروع إلى عمل دراسات تحليلية شاملة للظروف المؤثرة على عملية الديمقراطية و الحكم الرشيد خلال الفترة الانتقالية الحالية في العالم العربي. وبالنظر إلى أهداف هذا المشروع نجد أنه خدمة مجانية من قطر للتدخل الغربي بشكل عام والأمريكي بشكل خاص في الشأن العربي فهذا المشروع الضخم الذي تموله الدولة الخليجية الصغيرة يهدف إلى تقديم دراسات سياسية خاصة (وثائق بيضاء) لصانعي السياسات في واشنطن وأوروبا والشرق الأوسط وأيضاً مجتمع التنمية ويعتمد على عقد سلسة من الفعاليات العامة بين الدوحة والولايات المتحدة ،كما يقوم المركز من خلال هذا المشروع بعقد اجتماعات خاصة بين مسئولين أمريكيين وأوروبيين والأمم المتحدة والعالم العربي. ويحاول بروكينجز حاليا الضغط على إدارة أوباما لإجبار السلطة المصرية على إشراك الإخوان المسلمين في الحياة السياسية ويتضح ذلك من خلال رسالة أرسلها تمارا موفمان ويتس مدير مركز سابان لدراسات الشرق الأوسط التابع للمعهد و دانيال بيمان كبير الباحثين حيث زعما أن ما يتعرض له الإخوان من قمع يدفعهم إلى التطرف مما سيؤدى إلى زعزعة الاستقرار في مصر والمنطقة ويؤثر سلبا على أمن إسرائيل. وعلى الرغم من أن المعهد اعترف بأن هذه الخطوة التي يطلبها من إدارة أوباما بالضغط من أجل إعادة الإخوان للحياة السياسية لن تمنعهم من التطرف إلا أنها سوف تحيد تأثيرهم على المصالح الأمريكية في مصر كما حاول بروكينجز أن يروج إلى أن الجيش المصري لا يهمه إلا تحقيق أهدافه وهذا الأمر لا ينطبق على الفترة الحالية فقط بل أنه أمر ملازم للقوات المسلحة المصرية على مدار تاريخها ،حيث قال في دراسة له تحت عنوان "المؤسسات العسكرية في الدساتير المصرية" إن الرائد صلاح سالم الذي كان أحد قيادات مجلس الثورة عام 1952 قال "أين المشكلة لو قتلنا مليون مصري من أجل تحقيق أهدافنا ".