أكد الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف، أن ظاهرة التكفير ليست مستحدثة ولها أصول تعود إلى فكر الخوارج الذين انحرفوا فكريا، ثم عادت ظاهرة التكفير عام 1968 بسبب ممارسات فكرية ضالة لجماعة التكفير والهجرة نتيجة الممارسات العنيفة وغير الآدمية تجاههم فى السجون والمعتقلات، حتى أنهم رفضوا دعوات البعض داخل السجون إلى كتابة ما يؤيد الحاكم ليخرجوا ثم اتهموا زملاءهم الذين فعلوا ذلك بالكفر، وبدأت موجة من التكفير لكل المجتمع فوصفوا المجتمع الذى يؤيد الحاكم بالكفر، واعتبروا الوسيلة لدخول مجتمع الإيمان مرة ثانية بالانضمام إلى فكرهم وتأييدهم. وأضاف فى كلمته بمؤتمر المجلس الأعلى للشئون الإسلامية: "وكان التكفير منهجا لدى شباب ساخط على الأوضاع التى يعيشها، إلى درجة أن الباحثين فى فكر التكفير اعتبروه أنه فكر أزمة وليس منهجا"، وعاد الطيب ليؤكد أن العنف الذى تمت ممارسته تجاه الشباب فى السجون والمعتقلات أسهم فى خلق أفكار شاذة، وهذا لا يعنى أن السجون والمعتقلات هى السبب الأوحد لعودة التكفير، فهناك سبب آخر وهو تراث الغلو والتشدد فى الفكر الإسلامى، وهو تراث ينتمى إلى فكر الخوارج الذين حذرنا منهم رسول الله صلى الله عليه وسلم.