تنفرد بوابة الفجر بتقرير الجهاز المركزى للمحاسبات خلال شهرى مارس ، ابريل 2010 مستوى ادارة عليا التى حصلت على نسخة منه، حيث ذكر التقرير أن التعاقد مع العاملين فى المكتبة تم تحرير العقود لهم بالمخالفة لقرار رقم 88 من قرارات مجلس الأمناء و المعتمد في 15\12\2005.
وكشف التقرير عن تعاقد بعض أعضاء هيئة التدريس للعمل بالمكتبة دون أخذ موافقة السيد الأستاذ الدكتور رئيس الجامعة بالمخالفة للنص م 84، 85 من القانون رقم 49 لسنة 1972 الخاص بتنظيم الجامعات.
ولفت التقرير بقيام مدير المكتبة اسماعيل سراج الدين بالاستعانة ببعض المستشارين دون تحرير عقود معهم بالمخالفة لنص م3، م7 من لائحة شئون العاملين و تعديلاتها الصادرة بقرار مدير رقم 10 لسنة 2007.
وأشار التقرير بتحميل موازنة المكتبة رسم تنمية الموارد المالية للدولة بالمخالفة لاحكام المادة الأولى من القانون رقم 147 لسنة 1984.
وكشف التقرير عدم سداد اشتراكات التأمين و المعاشات عن مرتبات بعض العاملين بالمكتبة بالمخالفة لنص المادة (125) من قانون التأمين الأجتماعي الصادر بالقانون رقم 79 لسنة 1975 و المادة رقم 27 من لائحة شئون العاملين بالمكتبة الصادرة في ابريل 2007
وقال أيضا عدم سداد تأمين اصابة العمل بنسبة 1% لبعض السادة العاملين بالمكتبة بالمخالفة لأحكام المادة الأولى من قرار وزير المالية رقم 359 لسنة 2008 بتعديل بعض احكام القرار الوزاري رقم 544 لسنة 2007 بشأن القواعد المنفذة لقانون التأمين الاجتماعي الصادر بالقانون رقم 79 لسنة 1975
وأضاف التقرير عدم خصم نسبة 20% من حصيلة المكافآت التي تصرف لضباط و أفراد هيئة الشرطة من جهات خارج وزارة الداخلية بالمخالفة لقرار وزير الداخلية رقم 5126 لسنة 1996، كتاب دوري وزارة الداخلية رقم 37 لسنة 2003 فضلا عن عدم اخذ موافقة السيد وزير الداخلية على صرف تلك المكفأت
وأكدت تحريات الجهاز فى تقريرة استغلال جميع المسئولين بالمكتبة و على رأسهم مدير المكتبة د . اسماعيل سراج الدين لسلطات وظيفتهم و نفوذهم المستمد من رئيس الجمهورية السابق و حرمة و عدم التقيد بالقوانين الإدارية و المالية للدولة في التصرف في أموال و شئون المكتبة ببذخ بحسب التقرير وفضلا عن الإضرار العمدي بالمال العام و الإضرار بأوضاع المكتبة الفكرية و العلمية على المستوى العلمي من خلال الأستعانة بعدد من المستشارين و تعينهم في وظائف لا تتناسب مع قدراتهم العلمية و الإدارية.
وعقد سراج الدين مع سوزان مبارك المتعارف عليه الحصول سنوياً على 15% من ال 138000 دولار امريكي السنوية بحسب التقرير فضلا عن سرقة في منفذ البيع في المكتبة وعجز بقيمة 98000 الف جنية
