لم تكن طبيعة تطبيع العلاقات بين قطبي الإرهاب بالمنطقة لكل من قطروإيران وليدة اللحظة، بل هناك تاريخ حافل للعلاقات المشبوهة بين الطرفين بداية من عام 1991 بعد انتهاء حرب الخليج الثانية وذلك حين رحب أمير قطر السابق حمد بن خليفة بالمشاركة الإيرانية في الترتيبات الأمنية للخليج العربي وحتى الآن بعد تصاعد الأزمة الخليجية بقطع العلاقات مع الدوحة. مشتركان في تلك المنظمات قطروإيران كلاهما عضوان في أوبك وحركة عدم الانحياز ومنظمة التعاون الإسلامي وخلافا لنظيرتيها الدولتين الأعضاء في مجلس التعاون الخليجي السعودية والإمارات العربية المتحدة، وعلى مر التاريخ تمتنع الدوحة عمومًا عن انتقاد الأنشطة الداخلية والخارجية الإيرانية تزامنًا مع إبرام العديد من الاتفاقات الأمنية والاقتصادية.
العلاقات الاقتصادية يجمع البلدين علاقة اقتصادية وثيقة، وخاصة في صناعتي النفط والغاز، ويأتي جزء كبير من نفط قطر من حقل مرتبط بإيران وتسيطر إيرانوقطر بشكل مشترك على أكبر حقل للغاز في العالم، وتتمتع قطر بنسبة 13% من إجمالي احتياطيات الغاز المثبتة في العالم، وتنتج قطر 650 مليون متر مكعب من الغاز يوميًا من قسمها في الحقل، وتنتج إيران 430 مليون مترًا مكعبًا من الغاز من الحقل، بالإضافة إلى الروابط في ميدان النفط والغاز الطبيعي، تتعاون إيرانوقطر أيضًا في قطاع النقل البحري.
التعاون الأمني والاستخباراتي مع إيران وفي 1991، بعد انتهاء حرب الخليج الثانية، رحب أمير قطر السابق حمد بن خليفة بالمشاركة الإيرانية في الترتيبات الأمنية للخليج العربي، ولكن بسبب المقاومة من دول الخليج العربي وخاصة السعودية والإمارات والبحرين لم تثمر هذه الجهود القطرية قط، وأصبح تعاون أمني واستخباراتي مع إيران من خلال العلاقات الثنائية وجرى وضع خطط في 1992 لنقل المياه بالأنابيب من نهر كارون في إيران إلى قطر، ولكن بعد المقاومة المحلية في إيران، تم التراجع عن هذه الخطة.
حلول للبرنامج النووي الإيراني وفي مايو 2010، أعرب أمير قطر الشيخ حمد بن خليفة آل ثاني والرئيس السوري بشار الأسد عن تأييدهما للجهود التي تقودها تركيا لإيجاد حل دبلوماسي للنزاع حول البرنامج النووي الإيراني، فاقترح مسؤولون أتراك التوسط لإجراء محادثات مباشرة بين المفاوض النووي الإيراني سعيد جليلي ورئيسة السياسة الخارجية للاتحاد الأوروبي كاثرين أشتون.
العلاقات السياسية وفي عام 1971، حصلت قطر على استقلالها السياسي، وكانت علاقتها السياسية في ذلك الوقت هادئة بالشاه الإيراني محمد رضا بهلوي، مثلها مثل علاقات باقي الدول الخليجية به.
ولكن بعد اندلاع الثورة في إيران والإطاحة بالشاه وإقرار نظام الحكم الإسلامي في إيران عام 1979، بدأت حالة من العداء الصريح ما بين إيران من جهة وحكام الخليج من جهة أخرى، واعتاد آية الله الخميني انتقاد الحكام العرب ووصفهم بالخيانة والتآمر والخضوع لأمريكا، وظهر ذلك أثناء حرب الخليج الأولى "1980-1988" حين وقفت قطر مع دول مجلس التعاون الخليجي في موقفها المساند للجارة العربية، ودعمت العراق ووقفت في صف رئيسه الأسبق صدام حسين في حربه ضد إيران، وتُرجم ذلك الدعم في تقديم الكثير من القروض والمنح للنظام العراقي.
عودة العلاقات بين قطبي الإرهاب وفي عام 1999، قام الرئيس الإيراني محمد خاتمي بزيارة مهمة إلى الدوحة. يؤكد الدكتور عرفات علي جرغون في كتابه "العلاقات الإيرانية الخليجية: الصراع، الانفراج، التوتر"، أن تلك الزيارة شهدت "توقيع عدد من الاتفاقيات في مجالات مختلفة، أهمها التفاهم حول عدد من القضايا السياسية الإقليمية والدولية، وإدانة الدولتين لظاهرة الإرهاب، وضرورة التمييز بين العمليات الإرهابية والمقاومة المشروعة".
زيارة لطهران وفي عام 2006 قام الأمير القطري بزيارة أخرى إلى العاصمة الإيرانية، وظهر أثر التقارب الناتج عنها في يوليو من العام نفسه، عندما كانت قطر العضو الوحيد، من بين 15 عضواً في مجلس الأمن، الذي صوت ضد قرار المجلس رقم 1696 والذي طالب إيران بوقف العمل في برنامجها النووي، ودعت قطر حينها حل كافة القضايا والخلافات بين الدول بالطرق السلمية، معربةً عن أن من حق إيران امتلاك برنامج نووي سلمي وفي الوقت نفسه من حق المنطقة أيضاً أن تعيش في أمن واستقرار.
توسيع العلاقات الثنائية وفي مايو 2017، وبعد فوز حسن روحاني بولاية رئاسية ثانية في إيران، حرص الأمير تميم بن حمد آل ثاني على الاتصال به لتهنئته، وأكد على "ضرورة توسيع العلاقات الثنائية خاصة مع عدم وجود أي عائق أمام تطويرها"، بينما أكد الرئيس روحاني، في المقابل أن جميع الشروط مؤاتية لتوسيع أفق التعاون بين البلدين في المجالات السياسية والاقتصادية مؤكداً على ضرورة ذلك.
التعاون بعد الأزمة الخليجية وبعد أن قرر الرباعي العربي "مصر والسعودية والبحرين والإمارات" في يوم 5 يونيو 2017 قطع العلاقات الدبلوماسية مع قطر، قامت إيران بإرسال أول طائرة شحن على متنها مواد غذائية إلى قطر على خلفية الأزمة الدبلوماسية القطرية الخليجية.