به گزارش رسانه‌هاي حکومتي روز يکشنبه 7خرداد 96 وحدود يک ماه پس از برکناري ناگهاني رئيس دانشگاه آزاد، پسر رفسنجاني نيز از اين دانشگاه کنار گذاشته شد. ياسر رفسنجاني پيش از اين نسبت به آينده اين مرکز آموزشي و'رفسنجاني‌زدايي' در آن هشدار داده بود. وي روز يکشنبه 7خرداد با تأييد اين خبر به خبرگزاري حکومتي ايسنا گفت: «با توجه به همه علاقه، انگيزه ووظيفه‌اي که نسبت به دانشگاه آزاد احساس مي‌کردم، علاقه‌مند بودم که کارم را در اين دانشگاه ادامه دهم چرا که اين دانشگاه را ميراث هاشمي رفسنجاني براي مردم مي‌دانم.» به گفته ياسر رفسنجاني دستور برکناري او را علي اکبر ولايتي، رئيس کنوني دانشگاه آزاد صادر کرده واين موضوع طي پيامي به اطلاع وي رسانده شده است. خامنه‌اي اندکي پس از مرگ رفسنجاني، با صدور حکمي مشاور ارشد امور بين‌المللي خود، ولايتي را به‌عنوان رئيس هيأت مؤسس دانشگاه آزاد منصوب کرد.
