يعمل على تصفية العديد من المعارضين لنظام الجمهورية الإسلامية في الداخل والخارج، دأب على الاغتيالات التي طالت المثقفين وفق فتاوي من رجال الدين، اتهم بشكل في "الاغتيالات المسلسلة التي وقعت في نهاية التسعينات بإيران..إنه جهاز الاستخبارات الإيراني الذي استخدمته طهران لتصفية معارضيها. التأسيس منظمة المخابرات الإيرانية عام 1957، تحت اسم "السافاك" بمساعدة وكالة الاستخبارات الأمريكية "سي آي إيه" بهدف قمع معارضي شاه إيران ووضعهم تحت المراقبة، وبعد رحيل الشاه في يناير 1979، حل قائد الثورة الإسلامية الموسوي الخميني جهاز "السافاك" نهائيا.
في عام 1984 أنشأ الخميني منظمة المخابرات الإيرانية، واستبدله بوزارة الاستخبارات والأمن الوطني (وزارت إطلاعات جمهوري إسلامي إيران) المعروف بجهاز "فافاك".
أسست منظمة المخابرات الإيرانية، لجمع المؤسسات الأمنية التي كانت تعمل بشكل مستقل منذ حل جهاز "السافاك".
وزراء وزارة الاستخبارات محمد ري شهري، هو الوزير الأول لوزارة الاستخبارات بعد انتصار الثورة وذلك في زمان رئاسة علي خامنئي لإيران، علي فلاحيان، وزيراً في زمن رئاسة أكبر هاشمي رفسنجاني.
و في رئاسة محمد خاتمي تولى قربان علي دري نجف آبادي ثم علي يونسي منصب وزير الإستخبارات، وعند تولي محمود أحمدي نجاد الرئاسة اصبح غلام حسين محسني إيجائي وبعده حيدر مصلحي وزيراً للإستخبارات، ومحمود علوي، هو الوزير الحالي و الذي عينه رئيس الجمهورية الإيرانية في رئاسته منذ عام 2013 و حتى الآن.
مهام جهاز الاستخبارات يلعب جهاز "فافاك" دورًا مهمًا في صناعة المعلومات ومواجهة الأخطار التي تواجه النظام الإيراني في الداخل والخارج، وقال علوي إن وزارة الاستخبارات تتصدى للتيارات الشيعية والسنية.
وخلال السنوات، تطور عمل المجلس ليشمل "الإشراف والرصد والتحري على الفضاء المجازي وشبكة الإنترنت" و"التصدي للهجمات الفيروسية ضد البرنامج النووي الإيراني"، و"محاربة الغزو الثقافي".
الأجهزة التابعة لوزارة الاستخبارات يتبع وزارة الاستخبارات الإيرانية نحو 16 جهازًا للأمن؛ تتصدرها استخبارات الحرس الثوري، ومخابرات الجيش، واستخبارات الشرطة.
عدد موظفي الوزارة قدرت وزارة الدفاع الأمريكية "البنتاجون" في يناير 2013، عدد العاملين بجهاز المخابرات الإيراني بنحو 30 ألف موظف.
إدارة الوزارة يوجد في وزارة الاستخبارات الإيرانية، 14 نائبا لوزير المخابرات يمثل عن كل إدارة داخل جهاز "فافاك"، وهي: معاون للأمن المعلومات الداخلية، مكافحة التجسس، دارئر العلميات الخارجية، حماية، السياس، مركز الدراسات الإستراتيجية والشئون، التعليم والبحث العلمي، المحفوظات والسجلات، الإداري، البرلمانية والقانونية، الاقتصادية، الثقافية والاجتماعية، التكنولوجيا وسائل الإعلام الجديدة، الأجهزة الأمنية في البلاد، مدير مكتب وزير المخابرات.
إدارة عملياته الخارجية يتم تقسيم عمليات إدارة العمليات الخارجية في جهاز المخابرات الإيراني، إلى الولاياتالمتحدةالأمريكية، والاتحاد الأوروبي، إسرائيل وأمريكا، أمريكا الجنوبية، آسيا ودول أمريكا الوسطي، الشرق الأوسط - وضع "فافاك" تعريف لمنطقة الشرق الأوسط بأنه مجموعة الدول المحصورة بين إيران ومصر وضم إليها تركيا فيما هناك إدارة خاصة بإسرائيل وفلسطين.
دور الجهاز في دعم العراق وسوريا ويلعب جهاز المخابرات الإيراني دورًا فاعلاً في دعم العراق وسوريا منذ بداية ظهور تنظيم داعش الإرهابي كما أنه يتعاون مع أجهزة مخابرات دول أخرى لمواجهة مخاطر الإرهاب.
علاقة الإخوان ب"فافاك" وفي فبراير 2013، تحدثت وسائل إعلام مختلفة عن زيارة سرية قام بها مسئول مخابرات إيراني رفيع المستوي للقاهرة في الفترة من 26 إلى 30 ديسمبر 2012، ولقائه مع مسئولين مصريين ينتمون لجماعة الإخوان، على رأسهم عصام الحداد، مستشار الرئيس المعزول محمد مرسي للشئون الخارجية، بهدف بناء جهازها الأمني والمخابراتي، وبشكل مستقل عن أجهزة الأمن الوطني والاستخبارات التي يسيطر عليها الجيش المصري.
جرائمه في عام 1999، تم إلقاء المسئولية على ما سمي ب"العناصر المارقة" في جهاز المخابرات الإيراني، المسئولة عن عمليات القتل المتسلسلة الشهيرة أو ما يسمى بسلسلة الاغتيالات في إيران التي طالت العديد من الكتاب والمثقفين المعارضين، بما في ذلك اغتيال المعارضين السياسيين الإيرانيين داخل وخارج البلاد ولها دور مهم وكبير وفعال في زرع الخلايات التجسسية في شتى أنحاء العالم بما فيها دول الخليج العربي.