أبدى المتهم عبد المنعم بهاء الدين، أحد متهمي تنظيم أنصار بيت المقدس شكواه للمستشار حسن فريد، رئيس هيئة محكمة جنايات القاهرة، قائلًا إنه يتعرض لمعاملة غير آدمية طوال فترة بقائه بمحبسه وأثناء إجراء التحقيقات معه. ووصف المتهم ما تعرض له قائلًا: "اتعرض للتعذيب البدني والمعنوى يوميًا، حتى إنى رفضت تناول الطعام ردًا على تلك الإهانات"، وهو ما قابله رئيس المباحث بالسجن قائلًا لي: "عنك ما طفحت"، ليرد عليه رئيس المحكمة مؤكدًا أن جميع طلباته التي أبداها ستنظر ويتم البت فيها وفقًا للقانون.
كان النائب العام المستشار هشام بركات سبق وأن أمر بإحالة المتهمين للمحاكمة الجنائية، في ختام التحقيقات التي باشرتها معهم نيابة أمن الدولة العليا برئاسة المستشار الدكتور تامر فرجاني المحامي العام الأول للنيابة، وفريق موسع من أعضاء النيابة.
وأسندت النيابة العامة إلى المتهمين ارتكابهم لجرائم تأسيس وتولي قيادة والانضمام إلى جماعة إرهابية، تهدف إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة من ممارسة أعمالها، والاعتداء على حقوق وحريات المواطنين والإضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، والتخابر مع منظمة أجنبية المتمثلة في حركة حماس (الجناح العسكري لتنظيم جماعة الإخوان) وتخريب منشآت الدولة، والقتل العمد مع سبق الإصرار والترصد والشروع فيه، وإحراز الأسلحة الآلية والذخائر