كشفت جلسة محاكمة مرسي وقيادات الإخوان في قضية وادي النطرون عن كواليس جديدة، حيث تواجد قفصان زجاجيان بقاعة المحاكمة، وظهر مرسي في قفص منفصل عن بقية قيادات الإخوان وبقية المتهمين، وخلال نظر الجلسة اعترض الرئيس السابق محمد مرسي على حديث محاميه عندما تحدث لرئيس المحكمة عن القفص الزجاجي، مشيرًا إلى أن موكله قابع بداخل القفص، فانفعل قائلاً "أنا مش قابع في القفص أنا موجود جوة القفص أنا شامخ زي الجبل". وخلال نظر الجلسة، طرق الرئيس السابق محمد مرسي بشدة على قفص الاتهام، حيث طلب الدخول إلى "الحمام"، وهو ما أدى إلى تدخل هيئة الدفاع عنه، حيث قال محاميه لرئيس المحكمة "الريس عايز يروح الحمام"، ما أدى إلى استجابة رئيس المحكمة لطلبه وسمح له بالخروج للحمام وعاد مرة أخرى لقفص الاتهام لاستكمال محاكمته.
كما قام مرسي وقيادات الإخوان بأداء صلاة الظهر والعصر بداخل قفص الاتهام خلال نظر الجلسة، وظلوا مديرين ظهورهم للمحكمة في معظم الجلسة ومشيرين بعلامة رابعة.
ودار حديث بين المحامين وقيادات الإخوان لمدة قاربت ثلث ساعة خلال رفع الجلسة، حيث دار حديث غريب بينهم، وكان القفص الزجاجي يقف حائلاً بين الطرفين، واستخدم المحامون والمتهمون إشارات الصم والبكم للتمكن من التواصل مع بعضهم البعض.