هناك حدود واضحة بين قصر الاتحادية وقاطنيه وبين الحكومة الانتقالية منذ الساعات الاولى لتشكيلها، حيث اصبحت الحكومة هى المسئول الاول عن ادارة شئون المرحلة الانتقالية ولكن لم يمنع ذلك ان تتداخل المؤسسة الرئاسية والحكومة فى عدد من الملفات والازمات وان كان هناك بعض الامور التى لم تخلو من شد وجذب بين الطرفين من ان لاخر. اخر الازمات التى جمعت بين الرئاسة والحكومة ازمة قانون التظاهر الذى اعده مجلس الوزراء وارسله للرئيس المؤقت عدلى منصور لاصداره بعد اقراره من مجلس الوزراء الا ان القانون اثار ازمة مجتمعية وسياسية قبل اصداره وهو ما دعى الرئاسة الى ان تطلب من الحكومة اجراء حوار مجتمعى لمدة اسبوع حول القانون والتوافق حول المواد المرفوضة وهو الحوار الذى يديره الدكتور زياد بهاء الدين ويعقد اجتماعات مع عدد من الاحزاب السياسية والقوى العمالية ومنظمات المجتمع المدنى وياتى هذا الحوار المجتمعى على الرغم من تمسك وزير الداخلي بقانون التظاهر بشكل الذى تم اقراراه بمجلس الوزارء الا ان الرئاسة مالت فى اتجاه مطالب الشارع هذة المرة خاصة وان وزير الدفاع الفريق عبد الفتاح السيسى كان قد ابدى تحفظه على القانون بشكله الحالى.
ولم تعترض الرئاسة على مطالب وزير الداخلية على مد حالة الطوارئ بسبب تتدهور الاوضاع الامنية فى سيناء واللقاهرة ومحافظات الصعيد خاصة بعد مواجهات دلجا وكرداسة فلم يستغرق الامر بضع ساعات تم فيها مناقشة الامر فى مجلس الدفاع الوطنى ليصدر قرار الرئيس بمد حالة الطوارئ.
وكانت اولى المعارك التى تخوضها الرئاسة والرئيس المؤقت عدلى منصور ولها علاقة بالحكومة هى تسمية رئيس الحكومة الذى يدير المرحلة الانتقالية ويتوافق عليه القوى السياسية وحزب النور الذى يمثل التيار الاسلامى بعد انسحاب حزب الحرية والعدالة حيث اعترض عدلى منصور على اسم الدكتور الجنزورى على الرغم من موافقة السلفيين عليه لياتى بعدها اسم الدكتور محمد البرادعى كاحد المرشحين لتولى رئاسة الحكومة وقبل حلف اليمين بدقائق كانت اعتراضات السلفيين بالاضافة الى الصلاحيات الواسع التى طالب بها البرادعى وما هو ابعده عن رئاسة الحكومة ليتم الاستقرار بعدها على الدكتور حازم الببلاوى بعد مفاوضات طويلة لاقناع جميع الاطراف به لم ينتهى دور القصر بعد تكليف الدكتور الببلاوى الذى بدا بتشكيل الحكومة بعدد من الترشيحات الذى ذكاها الدكتور مصطفى حجازى المستشار السياسى والاستراتيجى للرئيس على خلاف احمد المسلمانى المستشار الاعلامى للرئيس والذى لم يتم الاخذ باى من ترشيحاته فى تشكيل الحكومة بل انه كان رافض لاختيار عدد من الاسماء التى تولت حقاب زارية هامة فى الحكومة وهو ما جعل هناك حال عداء بين المسلمانى والحكومة والذى لم يتدخل فى تشكيلها او ترشيح اى من وزرائها لتبدا حال من الكراهية المتبادلة بين مجلس الوزراء من ناحية وبين المسلمانى من ناحية اخرى والذى لا يخفى رايه فى الحكومة فى اى مناسبة معربا عن ضعف ادائها وفى المقابل لا يخلو الامر من الاستياء من تدخلات المسلمانى المستمر فى بعض الملفات.
وكانت اهم الازمات بين رجال القصر والحكومة هى الازمة بين الرئيس والنائب السابق للرئيس الدكتور محمد البرادعى والحكومة متمثلة فى الدكتور حازم الببلاوى وووزير الدفاع الفريق عبد الفتاح السيسى ووزير الداخلية اللواء محمد ابراهيم فى اجتماعات مجلس الدفاع الوطنى اثناء ازمة اعتصامى رابعة والنهضة لجماعة الاخوان المسلمين والتى اختلف فيها رجل القصر انذاك الدكتور محمد البرادعى الذى رفض فض الاعتصام باستخدام قوات الامن وهو الذى عارضته الحكومة ووزير الداخلية خاصة مع الضغوط الشعبية لفض الاعتصام والتهديدات الامنية التى مثلها الاعتصام واستخدام الجماعة للاعتصام كورقة ضغط سياسى وهى الازمة التى نتج عنها انسحاب البرادعى وتقديمه لاستقالته.