ترفض الحركة الشعبية لاستقلال الأزهر تولى الدكتور محمد يسرى، الأمين العام للهيئة الشرعية للحقوق والإصلاح، وزيراً للأوقاف , مشيراً إلى أن الحركة ستتكاتف مع ائتلافات الثورة ونقابة الأئمة والدعاة من أجل التصدى إلى "تأسلف" الأزهر والدعوة بمصر. يأتى هذا فيما حذر عبد الغنى هندى، المنسق العام للحركة الشعبية لاستقلال الأزهر، من التصعيد حال اختيار يسرى، الأمين وزيراً للأوقاف،موضحا أن الحركة ستقوم بمنع دخول الدكتور محمد يسرى إلى مبنى وزارة الأوقاف، والإعتصام داخل مكتب الوزير.
وأضاف هندى أن مخطط الإخوان والسلفيين للسيطرة على الأزهر، يبدأ بتولى يسرى لوزارة الأوقاف، حيث إنه سيكون، بحسب القانون، عضواً بمجمع البحوث الإسلامية، وهو ما يعتبر نصراً كبيراً لهم، كما أن الرئيس محمد مرسى سيعين مفتياً للجمهورية من الإخوان خلفا للدكتور على جمعة، والتى تنتهى فترة ولايته لدار الإفتاء بعد شهور قليلة، وبذلك يكون المفتى الجديد عضواً فى هيئة كبار العلماء، ولن يلتفت إلى قانون الأزهر، والذى يقضى بترشيح هيئة كبار العلماء مفتياً للجمهورية بعد انتخابه من علماء الهيئة.
وطالب المنسق العام للحركة الشعبية لاستقلال الأزهر، الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، بضرورة التدخل للحفاظ على الأزهر من "الأخونة" و"التأسلف"، حيث إنها مسئولية يُسأل عنها أمام الله يوم العرض عليه.