أثار المؤتمر الذي عقده الدكتور محمد مرسي مرشح الرئاسة حفيظة شيخ الأزهر وأعضاء مجمع البحوث الإسلامية بعد استغلال اسم الأزهر من قبل بعض المشاركين في دعم مرسي وعلي رأسهم الدكتور محمد عمارة عضو المجمع والدكتور طلعت عفيفي عميد كلية الدعوة السابق والشيخ محمد البسطويسي نقيب الدعاة وهو ما اغضب شيخ الأزهر بشدة لاستغلال اسم الأزهر وعقد اجتماعا مع كبار المسئولين بالأزهر للتأكد من تاجير القاعة بعيدا عن استغلال اسم الأزهر. ومن جانبهم قام أنصار المرشح الرئاسي عن حزب الحرية والعدالة الدكتور محمد مرسي بتطويق مشيخة الأزهر ودار الإفتاء بالصور والبوسترات الخاصة بالمرشح وخاصة أمام البوابة الرئيسية لكل من شيخ الأزهر الدكتور احمد الطيب ومفتي الجمهورية الدكتور علي جمعه. وقد وصف العاملون بمشيخة الأزهر هذا الأمر بأنه محاولة استفزازية من جماعة الإخوان المسلمين لشيخ الأزهر والمفتي بداخلها رسالة واحدة وهي أن رئيس مصر سيكون من جماعة الإخوان وان مكانكم سيكون لنا قريبا وان هذا الإجراء من قبل أنصار جماعة الإخوان جاء ردا علي موقف شيخ الأزهر من التأسيسية وانسحابها منها عقب زيارة الدكتور مرسي للمشيخة واعلانة التوصل لحل لمشكلة التأسيسية وعودة الأزهر إليها إلا انه فوجئ بإعلان الأزهر الانسحاب النهائي وقد علق مصدر مسئول بالأزهر قائلا " أن هذا الأمر لا يهمنا ومن حق أي مرشح تعليق صورة علي الأعمدة وفي الأماكن العامة وان الأمر لا يشغلنا" كانت الحركة الشعبية لاستقلال الأزهر قد نفت أن يكون المؤتمر الذي عقده الدكتور محمد مرسي مرشح رئاسة الجمهورية و الذي عقد مؤتمرا بقاعة مؤتمرات الأزهر معبرا عن دعم الأزهر له حيث أن الأزهر يقف على مسافة واحدة من الجميع ولن يدعم أحد بعينه في الرئاسة بل سيكون موجها لمن سيحكم البلاد بالنصح و الإرشاد ،وقال عبدالغني هندي منسق الحركة أن ماتم تناقلة بأن الأزهر يؤيد ترشيح مرسي أو مرشح بعينه عارا تماما من الصحة .