قال محمد الظواهرى القيادى بالسلفية الجهادية وشقيق أيمن الظواهرى زعيم تنظيم القاعدة تعليقا على تحرير الجنود المختطفين " الحمد لله ان هذه الازمة مرت بسلام "مشيرا الى ان الذين كانو يدفعون الجيش الى الصدام والقيام بعملية عسكرية كان ذلك سيؤدى الى اراقة دماء المسلمين ولم يرعو مصلحة البلاد والامة الاسلامية . واضاف الظواهرى فى تصريحات خاصة ل"صدى البلد " ان هناك الكثير من القوى ذات الاهداف الخارجية تدفع البلاد الى الفوضى ويجب على الجميع التريث وتقديم مصلحة الامة الاسلامية على اى شىء . ووجه الظواهرى رسالة الى الرئيس مرسى قائلا " يجب ان يتذكر الرئيس ان تطبيق شرع الله هو طريق النجاة لما فيه نحن الان ويجب رفع الظلم عن أهالى سيناء " وحول رد فعل الجناه وقيامهم بعمليات ارهابية اخرى قال الظواهرى " من يريد ذلك يريد ان يشعل نار الفتنة فى البلاد " مشيرا الى ان هناك مفاوضات تمت لا يجب ان يطلع عليها الجميع لانها امور خاصة بالقيادة العليا للبلاد ".