وصف النائب الأنبا يوحنا قلتة، فكرة إقامة ما يسمى بجماعة الإخوان المسيحيين بأنها عبث في عبث، مشيرًا إلى أن مصر وطن غير قابل للانتساب. وقال قلتة، خلال لقائه مع الإعلامي حمدي رزق في برنامج "بلدنا" على قناة "صدى البلد": لا يوجد مدينة قبطية ولا مدينة إسلامية، فمصر غير قابلة للانتساب والدليل على ذلك حكم الفاطميين سنوات طويلة وعلى الرغم من ذلك لم تتشيع مصر، وفي صراع الأمويين والعباسيين انقسم العالم بالكامل إلا مصر، فحائط الصد في مصر عبارة عن حضارة عميقة الجذور وتدين عميق الجذور أيضًا. وأضاف: هناك تغيرات جوهرية حدثت في حياة الأقباط بعد الثورة،فدماء المسيحيين بجانب إخوانهم المسلمين في الثورة غير تاريخ الأقباط، فالفضل للمسلمين عندما حموا إخوانهم في الميدان في صلاتهم وخرج الشباب القبطي من تحت عباءة الكنيسة ولم يعد. وفيما يتعلق بشأن الهجوم على الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، قال قلتة: أرى شيخ الأزهر إنسان مثقف ثقافة إنسانية عالمية، فهو مسلم حقيقي ومن يهاجمونهم لم يعرفوه.. ويعيبنا في الشرق أننا متدينون حتى آذاننا وكل ذلك جميل، ولكن الإيمان مواقف وأخلاق. وأضاف: عندما التقيت بشيخ الأزهر عند الرئيس مرسي قلت له أذكرك بشيء أن تجلس على كرسي عمرو بن العاص، فقال لي إن تحملني مسئولية كبيرة، فهو مصري صميم ولكن ربنا يسترها ممن حوله. وحول وصول جماعة الإخوان للسلطة، قال الأنبا يوحنا قلتة، إن وصول الإخوان إلى الحكم أمر طبيعي وهو ثمرة ستون عامًا من الكفاح، مضيفًا موجهًا حديثه للإخوان: أرجوكم وأتوسل إليكم سيادة القانون والعدالة هم أساس نجاح أي حاكم.