وقع كل من المركز الاقليمى للدراسات الاستراتيجية بالقاهرة والمجلس المصرى للشئون الخارجية بروتوكول تعاون يشمل تعزيز أوجه التعاون العلمى البحثي فى العديد من المجالات منها المشروعات الأكاديمية المشتركة، التي تتصل بمشروعات بحثية ثنائية، أو متعددة الأطراف، أو دراسات أو أبحاث، أو تنظيم حلقات نقاش مشتركة في مجالات تتصل باهتمام الجانبين، خاصة فيما يتعلق بالقضايا الإقليمية. وقد تم الاتفاق علي تنظيم حدثين سنوياً بين المركز والمجلس، من خلال مشاركة المركز المجلس المصري للشؤون الخارجية في مؤتمره السنوي وذلك بتخصيص احدي جلسات المؤتمر للمركز الاقليمى لإدارتها، ودعوة المتحدثين فيها من المنطقة العربية أو الشرق أوسطية لتناول أحدي قضايا المؤتمر السنوي ؛ وإعداد المركز الإقليمي لورشة عمل مشتركة مع المجلس المصري للشؤون الخارجية يشارك فيها خبراء وباحثو المؤسستين لدراسة إحدى قضايا السياسة الخارجية المصرية المؤثرة علي التحولات في الشرق الأوسط. كما شمل البروتوكول العمل على تبادل زيارات الخبراء والزائرين غير المصريين بين كل من المجلس المصرى للشئون الخارجية والمركز الاقليمى للدراسات الاستراتيجية بالقاهرة و التعاون في مجال النشر، سواء كان نشر إصدارات مشتركة، ناتجة عن أنشطة مشتركة، أو اتفاقيات ثنائية، أو نشر أبحاث لباحثين من المركزين فى مطبوعات المركز الآخر، ضمن قواعد النشر المتبعة فيهما. ويعمل المجلس المصري للشؤون الخارجية على تمثيل المجتمع المدني المصري والمساهمة في مناقشة قضاياه وتعميق وعي الرأي العام بها وتقديم أفكاره ومبادراته بشأنها، بالإضافة للتبادل الثقافي مع ممثلي المجتمع المدني الأجنبي وإقامة علاقات ثنائية بين دولها ومنظماتهم ومصر وفي نفس الوقت إقامة صلات عمل وتعاون مع المراكز المماثلة له والمؤسسات المهتمة بالسياسة الخارجية في الخارج. وهو يضم نخبة من المهتمين بالسياسة الخارجية حول هذه الأهداف تتميز بالتنوع في خلفياتها المهنية والتي تضم دبلوماسيين وأكاديميين وعسكريين ورجال أعمال وكتاب وشخصيات عامة، وقد تم إشهار المجلس في مايو عام 1999. اما المركز الإقليمي للدراسات الإستراتيجية، فهو"مركز تفكير، تأسس عام 2012، يهتم بمتابعة وتحليل وتقدير التحولات الإقليمية ذات الطابع الإستراتيجي على ساحة الشرق الأوسط إضافة إلى التفاعلات الدولية المؤثرة على الإقليم، على مستوى التطورات الداخلية، والعلاقات الإقليمية، والاتجاهات الاقتصادية، والشئون الأمنية، واتجاهات الرأي العام، عبر أنشطة علمية متعددة، تهتم اهتماما خاصا بالتفاعل مع دوائر صنع القرار والتيارات المؤثرة والمؤسسات الشريكة داخل دول المنطقة، من خلال تقديم الدراسات التحليلات والتقديرات والاستشارات، والعمل كنقطة التقاء، من خلال حلقات نقاش وورش عمل، بين الخبراء الأكاديميين والممارسين السياسيين، بهدف العمل على دعم الاستقرار الإقليمي.