رفضت نقابة الأطباء قرار إنشاء كلية طب تابعة للقوات المسلحة، موضحة فى أسباب رفضها أن المادة السادسة من مشروع القانون، المقدم من الحكومة تنص على، "يختار طلبة الكلية من بين المتقدمين المصريين الحاصلين على شهادة إتمام الدراسة الثانوية العامة، أو ما يعادلها من الشهادات، طبقا لقرار المجلس الأعلى للجامعات بالقبول فى كلية الطب المناظرة بالجامعات المصرية، ويجب أن يجتاز الطالب الاختبارات، وفقا للشروط والأوضاع التى تحددها اللائحة الداخلية للكلية"، وهو ما يتعارض مع مبدأ تكافؤ الفرص، فهناك كليات طب بالفعل موجودة، ويجب أن يكون مجموع الطالب فى شهادة الثانوية العامة هو الفيصل طبقا لأدنى حد للقبول من مكتب التنسيق بكليات الطب. وأضافت النقابة فى بيان لها اليوم، أن المادة السابعة تنص على إجازة وزير الدفاع قبول طلبة من غير المصريين للدراسة بالكلية على أن يكونوا مستوفين لشروط القبول بها، وهو ما يتعارض مع المادة الأولى " أ "، والتى تنص على : "تخريج ضباط أطباء تتوافر فيهم الكفاية العلمية والعملية والعسكرية؛ لتولى الوظائف الطبية بالقوات المسلحة "، وهذا لن يسمح به لهؤلاء الخريجين الأجانب فى تولى الوظائف الطبية بالجيش المصري. وأشارت النقابة إلى المادة الرابعة، التى تنص على: " تعيين مدير الكلية بقرار من وزير الدفاع، ويشترط أن يكون حاصلا على درجة الدكتوراة فى الطب والجراحة، أو ما يعادلها، من إحدى الكليات المعترف بها". وأوضحت النقابة أن سبب الاعتراض على هذه المادة، عدم الإشارة إلى الأبحاث والدرجات العلمية"، مضيفة عدم توافر العناصر الفنية من الأساتذة، خاصة بالأقسام الأكاديمية. واعتبرت "النقابة" إنشاء الكلية إهدارا للمال العام، فهناك عشرة آلاف خريج كل عام تستطيع القوات المسلحة أن تختار من بينهم من تريد، دون تحمل تكاليف التعليم والتدريب والإطعام والإيواء والانتقالات أثناء الدراسة والمكافآت الشهرية والتعويضات المقررة. كما اعتبرت إنشاء هذه الكلية يفتح المجال أمام هيئات أخرى مثل الشرطة وغيرها لإنشاء كليات جديدة. وطالبت النقابة القوات المسلحة بإعادة النظر فى إنشاء هذه الكلية، وإعلانها اعتزازها بالدور الوطني والقومي الذي تقوم به.