بعد أن تكشف الرابط بين علاقة "بن لادن" والمحاولة الفاشلة لاغتيال الرئيس المصري الأسبق محمد حسني مبارك، وذلك خلال احدى قضايا تمويل الإرهاب في محكمة بولاية "إلينوي" الامريكية في العام 2003، والتي أقر فيها المتهم الرئيسي "إنعام أرناؤوط" بأنه مذنب بالتآمر وتمويل الإرهاب، وذلك بعد نشر الادعاء العام وثيقة تنص على أنه في 1995، بعد محاولة فاشلة لعناصر القاعدة لاغتيال "مبارك" في أديس ابابا بإثيوبيا، وجه بن لادن اللوم لعضو القاعدة "إنعام أرناؤوط" من أن استخدام أموال وردت عبر منظمة "قطر الخيرية" في العملية، وأنه قلق من أن قدرة القاعدة على استخدام تمويل الجمعيات الخيرية قد يتأثر سلبا نتيجة ذلك. وتعود هذه الأدلة للظهور، إثر الكشف عن علاقة قطر بمحاولات اغتيال لقادة سياسيين وعسكريين في المنطقة اتخذوا موقفا معارضا لجماعة الإخوان والجماعات الإرهابية.
وتتجه أصابع التهام إلى حكومة قطر في علاقتها بالعديد من محاولات الاغتيال، وذلك عبر التمويل والتحريض، في كل العمليات التي يعرف منها حتى الآن اغتيال رئيس أركان الجيش الليبي اللواء عبد الفتاح يونس والسياسي الليبرالي التونسي شكري بلعيد، والمحاولات الفاشلة مثل محاولة اغتيال الملك عبد الله بن عبد العزيز والمحاولة الفاشلة لاغتيال الرئيس المصري الأسبق حسني مبارك التي كشفت الأدلة القضائية الأميركية عن تورط الدوحة.