بعد وفاة الأنبا كيرلس السادس في 9 مارس 1971تم تعيين الأنبا أنطونيوس مطران كرسي سوهاج وسكرتير المجمع المقدس ليصبح القائم مقام للإشراف علي انتخاب البطريرك الجديد وبدأت اجتماعات المجمع المقدس لمناقشة موضوع اختيار البابا القادم واستمرت المناقشة عدة أيام حتي تم الإعلان عن القواعد التي بمقتضاها سيتم اختيار البابا القادم..تم طرح حوالي 23 اسمًا تم تصفيتهم إلي 17 ثم إلي خمسة منهم 4 أساقفة هم: الأنبا باسيليوس الأنبا صموئيل، الأنبا شنودة، الأنبا دوماديوس وراهب واحد هو: القمص تيموثاوس المقاري وفي يوم الجمعة 29 من أكتوبر 1971 توجه 622 ناخبًا للكنيسة المرقسية بالأزبكية من أصل 700 ناخب مقيدين في الجداول. وأجريت الانتخابات بحضور مندوب من وزارة الداخلية واسفرت نتيجة فرز الأصوات عن اختيار ثلاثة من الخمسة وهم: الأنبا صموئيل وحصل علي 440 صوتًا، الأنبا شنودة وحصل علي 434 صوتًا، القمص تيموثاوس المقاري وحصل علي 312 صوتاً. وفي يوم الأحد 31 أكتوبر 1971 بدأ قداس القرعة حيث حضر الأنبا أنطونيوس وفي يده ثلاثة أوراق بكل واحدة اسم من أسماء المرشحين وجمعوا كل الأولاد الذين حضروا الصلاة واختاروا أصغرهم. ليقع الاختيار علي الطفل ايمن منير وكان عمره وقتها 6 سنوات 00 يقول إنه كان لا يملك تذكرة ولا والدته لحضور القرعة الهيكلية وحاولنا الدخول لحضور المراسيم دون جدوي فوقفت متشبثا بالباب الحديدي وسط الزحام الشديد وفجأة فتح البابا وتم انتزاعي انا وثماني اطفال للمشاركة في القرعة الهيكلية وانتظرت مع الاطفال ال8 وكانت والدتي خارج الكنيسة وانا كنت صامتا غير خائف ومتماسك حتي وضع القائم مقام يده عليا وقال " هاتوا الولد ده ". قال ثم عصب عيني فرفعت الورقة دون ان اشاهدها نهائيا وتم رفعي لأعلي حتي تمت المهمة بنجاح. وفي يوم الأحد 14 من نوفمبر 1971 بدأت مراسيم التنصيب ورسامة البابا شنودة رئيسا للكنيسة القبطية، وقد أذيع الحفل من دار الإذاعة والتلفزيون في مصر علي الهواء مباشرة قدر عدد الحاضرين بحوالي 10 آلاف شخص توجهوا إلي الكاتدرائية الكبري بأرض دير الأنبا رويس خرجت نتيجة القرعة الهيكلية باسم الأنبا شنودة أسقف التعليم الذي لم يكن موجودا وقتها بالقاهرة ولكنه كان في دير السريان دخل ضيوف الحفل ممثلو الكنائس الأجانب إلي الكاتدرائية في موكب متواصل بملابسهم الكهنوتية المختلفة. ثم دخل كبار رجال الدولة في مصر من باب خاص يتقدمهم السيد صلاح الشاهد مندوباً عن رئيس الجمهورية محمد أنور السادات والدكتور محمود فوزي رئيس الوزراء والسيد حافظ بدوي رئيس مجلس الشعب ورئيس المحكمة الدستورية العليا وعدد كبير من السادة الوزراء والسفراء والدبلوماسيين وكبار رجال الدولة وحضر الشيخ محمد أبوفاتي مندوبا عن الإمام الأكبر شيخ الأزهر. .وصدر القرار الجمهوري الخاص بالبابا في 1/11/1791 أي في ثاني يوم بعد القرعة الهيكلية وبعد أن هدأت جموع المهنئين ذهب البابا إلي الدير ليقضي بقية أيام الأسبوع فيه كما تعود ولكن لم تنقطع الزيارات عن الدير.