بعد وفاة الأنبا كيرلس السادس فى 9 مارس 1971 تم تعيين الأنبا أنطونيوس مطران كرسى سوهاج وسكرتير المجمع ليصبح القائم مقام للإشراف على انتخاب البطريرك الجديد وبدأت أجتماعات المجمع المقدس لمناقشة موضوع اختيار البابا القادم واستمرت المناقشة عدة أيام حتى تم الإعلان عن القواعد التى بمقتضاها سيتم اختيار البابا القادم. تم هذا الاختيار بثلاثة سيناريوهات: الأول تم طرح حوالى 23 اسمًا تم تصفيتهم إلى 17، اختير منهم (الأنبا انطونيوس، الأنبا باسيليوس، الأنبا شنودة، والأنبا صموئيل، الأنبا لوكاس، الأنبا بولس، الأنبا يوساب مع بعض الرهبان مثل القمص قزمان المحرقى، القمص متى المسكين، القمص شنودة السريانى، القس كيرلس المقارى) بعدها أجرى المجمع المقدس انتخابات لاختيار 5 فقط من المرشحين فكان الفائزون هم: الأنبا شنودة أسقف التعليم، الأنبا أنطونيوس، الأنبا صموئيل، الأنبا باسيليوس، والأنبا لوكاس وكانت الملاحظة فى هذه المرحلة الانتخابية أن الخمسة المختارين كانوا من الأساقفة وليسوا من الرهبان وكانت نية المجمع المقدس تتجه الى انتخاب ثلاثة من الخمسة أساقفة ثم اختيار واحد من الثلاثة ليصبح البابا 117، لكن الأنبا شنودة أعلن رفضة لإتمام الانتخاب وتكملته بهذه الصورة عملاً بالمبدأ الذى نادى به "من حق الشعب أن يختار راعيه". أما السيناريو الثاني، فقد اتفق فيه أعضاء المجمع على عقد اجتماع مشترك مع هيئة الأوقاف القبطية ولجنة إدارة أملاك البطريركية على اعتبار أنهم يمثلون شعب الأقباط على أن يكون هذا الاجتماع المشترك لاختيار واحد من الخمسة، وتم الاجتماع ولم يتوصلوا إلى شيء فاستقر الرأى على تنفيذ اللائحة وبدأت الانتخابات الشعبية فحسب اللائحة التى كانت سارية فى انتخاب المرشح للكرسى البابوى أن يزكيه 6 من أعضاء المجلس المقدس أو 12 من أعضاء المجلس الملى وكانت نتيجة التزكيات هو ترشيح خمسة أساقفة هم: الأنبا أنطونيوس، الأنبا باسيليوس، والأنبا شنودة، والأنبا صموئيل، والأنبا بولس ومن الرهبان: القمص متى المسكين والقمص شنودة السريانى ولكن رفع أحد الأقباط قضية ضد اختيار الأنبا أنطونيوس لمنصب قائم مقام على اعتبار أن المجلس الملى لم يشترك فى انتخاب الأنبا أنطونيوس لمنصب القائم مقام حسب نصوص اللائحة فى ذلك الوقت فاجتمع مجلس الشعب فى أبريل 1971 وقرر تعديل اللائحة بأن يحل أعضاء هيئة الأوقاف القبطية ولجنة إدارة الأملاك البطريركية مكان المجلس الملى فى أختيار القائم مقام فى التزكيات وفى باقى بنود اللائحة، وبناء على هذا القرار الجديد اعتبرت جميع التزكيات السابقة لاغية. جاء السيناريو الثالث بعمل تزكيات جديدة كان من نتيجتها الاستقرار على ترشيح 9 من الاساقفة والرهبان تم تصفيتهم الى خمسة مقسمين إلى 4 أساقفة هم: الأنبا باسيليوس الأنبا صموئيل، الأنبا شنودة، الأنبا دوماديوس وراهب واحد هو: القمص تيموثاوس المقارى، وفى يوم الجمعة 29 من أكتوبر 1971 توجه 622 ناخبًا للكنيسة المرقسية بالأزبكية من أصل 700 ناخب مقيدين فى جداول الناخبين لانتخاب ثلاثة من الخمسة وبحسب اللائحة فإن من له حق التصويت هم وكلاء الشريعة فى المطرانيات و24 كاهنًا من القاهرة و7 من الإسكندرية وأعضاء المجلس الإكليريكى، وأجريت الانتخابات بحضور مندوب من وزارة الداخلية وكانت نتيجة فرز الأصوات أسفرت عن اختيار ثلاثة من الخمسة وهم: الأنبا صموئيل وحصل على 440 صوتًا، الأنبا شنودة وحصل على 434 صوتًا، القمص تيموثاوس المقارى وحصل على 312 صوتًا وفى يوم الأحد 31 أكتوبر 1971 بدأ القداس الذى يسميه الأقباط قداس القرعة حيث حضر الأنبا أنطونيوس وفى يده ثلاثة أوراق بكل واحدة أسم من أسماء المرشحين وجمعوا كل الأولاد الذين حضروا الصلاة واختاروا أصغرهم، والذي حضر من الإسكندرية مع والده، وأغمضوا عينيه وأثناء اختياره لأحد الاوراق كان الآلاف من الشعب القبطى المتواجد فى الكنيسة يصلون قائلين "كيريالايصون" 41 مرة ومعناها يارب أرحم وكانت هى الورقة التى كتب فيها اسم الأنبا شنودة الذى أصبح البطريرك 117 على كرسى مار مرقس الرسول والذى تم الاحتفال بتنصيبه كنسيًا يوم 14 نوفمبر 1971.
