تأتى أهمية المجلس الملى العام الذى أصدر الخديو إسماعيل أمرا عاليا بإنشائه عام 1874بتبنى من بطرس باشا غالى فى إحداث توازن داخل إدارة الكنيسة المصرية التى يتحكم فيها المجمع المقدس برئاسة البابا - أعلى سلطة كنسية – وظهرت قوته عندما استطاع إقناع مجلس النظار-مجلس الوزراء - الذى رأس جلسته الخديوى عباس حلمى الثانى بإصدار قرار بإعفاء البابا كرلس الخامس من شئون الباباوية وتعين وكيل يدير الكنيسة بالتعاون مع المجلس الملى رغم حداثة إنشاء المجلس ودعمهم لانتخاب كرلس، ،وكان ذلك نتيجة صراع بين كرلس الخامس وبين المجلس لاتهام الأخيرللبابا بالتهميش وعدم دعوتهم للاجتماع أو الاستماع لمشورتهم،وإحساس كرلس بأنهم يغطون عليه. وكان المجلس قد تم إنشائه بعد أن اجتمع مجموعة من الأقباط الإصلاحيين وقرروا أن يتم إنشاء مجلس إصلاحى يرأسه صاحب منصب حكومى رفيع وكان بطرس باشا غالى ليتولى النواحى الإدارية المتعلقة بالأوقاف والشئون المالية والتعليمية والإشراف على عمليات الرهبنة ومعرفة المقبولين فيها لتواجه سلطاته،سلطات المجمع المقدس الذى يضم الاكليروس ويتحكم فى الأمور الدينية بعد التجاء الأنبا مرقس مطران البحيرة وكيل البطريركية بعد وفاة البابا ديمتريوس الثانى الى الجمعية الإصلاحية التى تضم مجموعة الأقباط المثقفين يقيمون الملاجئ والمدارس وطبع الكتب , وتقديم المعونات الاجتماعية للفقراء وإنشاء الصحف والمستشفيات وغيرها من كافة الخدمات ليستقوى بهم ضد المطارنه الذين لا يرحبون برئاسته بعد أن خلا كرسى البطريكية مدة تزيد على الأربع سنوات. ومنذ بداية إنشاء المجلس وهو يجد معارضة من رجال الكهنوت على الرغم مصادقة جميع الأساقفة على مشروع إنشاء المجلس،إلا أنهم كانوا يرون أنه يتدخل فى اختصاصتهم الكهونوتية،وأن كل ما يخص الكنيسة فى الأصل هو دينى . وقد تم تجميد المجلس الملى مرتين بسبب الصراع مع البابا كرلس الخامس،لكن المجلس ظل يصارع من أجل البقاء،وتدخل السفير الروسى بالقاهرة فى محاولة لتقريب وجهات النظر بين البابا وأعضاء المجلس،واتخذت الصحافة فى ذلك الوقت موقفا محايدا من الصراع وكانت جريدة المحروسة واللواء والأهرام والمؤيد والمقطم أبرز الصحف فى ذلك الوقت،وانتهت الأزمة بين البابا وأعضاء المجلس بعد أن وافق الأخير على زيارة كل أعضاء المجلس فى بيوتهم. وفى سنة 1904 أعيد تشكيل المجلس الملى , وتم تشكيل المجلس الجديد, وتشكل بناء على رغبة عدد من المطارنة والأراخنة , فقابلوا البابا كيرلس وتم التفاهم، فوافق على تحقيق رغبتهم ومنحته بركتهم،ومنذ انتهاء هذا الصراع والمجلس قائم مشاغب أحيانا ويتعاون أحيانا أخرى،يضعف ويقوى. ولم يكن الصراع مع البابا كرلس الخامس هو الصراع الوحيد الذى دخله وانتصر فيه المجلس الملى،فقد دخل بعد ذلك فى صراع مع البابا يوساب الثاني لضعف شخصيته وعدم قدرته على إيقاف نفوذ سكرتيره الخاص الذى كان يبيع الرتب الكنسية لغير المستحقين، وهي جريمة خطيرة تسمى ب"السيمونية" (نسبة إلى سيمون الساحر الذي أراد شراء مواهب الروح القدس بالمال) ونتيجة لذلك الفساد، جرت عدة محاولات لتصحيح هذا الوضع وعزل سكرتير البابا. وقام بعض الشباب القبطي بخطف البابا من مقره وإجباره على التوقيع على مطالبهم الإصلاحية! ولكن قوبلت ذلك التصرف بالرفض ففشل وعاد الانبا مرة أخرى،ولكن الحادثة جعلت ولأول مرة أعضاء المجمع المقدس و المجلس الملي العام يتفقون،على تعيين لجنة أسقفية للقيام بأعمال البابا بدلاً منه، وتشكيل اللجنة من أصحاب النيافة : الأنبا أغابيوس مطران ديروط ، الأنبا ميخائيل مطران أسيوط ، الأنبا بنيامين مطران المنوفية. وقد رأس المجلس الملى أسماء مثل بطرس باشا غالى ، حبيب بك المصري ،,الدكتور إبراهيم فهمي، المنياوي باشا، و نقيب المحامين كامل يوسف صالح، والمستشار إسكندر حنا دميان،ويرأسه حاليا الدكتور ثروت باسيلي