دعا المجلس القومى لحقوق الانسان الحكومة الى مراعاة القوانين المصرية والمعايير الدولية ذات الصلة عند تنفيذها للقرار الصادر باعتبار جماعة الإخوان المسلمين جماعة ارهابية، مؤكدا على ضرورة احترام ومراعاة حقوق الإنسان وتعزيزها خلال مكافحة سلطات الدولة للأعمال الإرهابية. وأدان المجلس ، فى بيان له الخميس، كافة أعمال الإرهاب والعنف التى وقعت خلال هذه الأيام؛ أياَ كان مرتكبوها ومهما كانت دوافعهم، مشددا على أن تطبيق القانون واتخاذ الإجراءات اللازمة لتنفيذه هو وظيفة الدولة فقط وليس الأفراد، كما أن ضمان أمن وسلامة المواطنين غير المشاركين فى العمليات الإرهابية أمر يقع على عاتق الدولة. وأعرب المجلس عن قلقه الشديد من تصاعد الدعوة الى العنف، والتحريض على ارتكابه فى العديد من وسائل الإعلام، وبعض الجماعات السياسية، مطالبا بوقف كل هذه الأمور محافظة على تماسك المجتمع المصرى وسيادة القانون. واكد المجلس على حق الدولة فى اتخاذ التدابير اللازمة لمكافحة الإرهاب ويدعوها الى عدم مساس تلك التدابير بالعمل الخيرى والإغاثى وعمل منظمات المجتمع المدنى.