قال الدكتور محمد محسوب وزير الشئون القانونية والمجالس النيابية إن القضاء العسكري بالتوافق استقرينا على بقائه في باب القوات المسلحة والوضع المنطقي أن يوضع كل ما يخص القوات المسلحة في بابها والمقصود بالسلطة القضائية هي المساوية للسلطتين الأخرتين. وأضاف محسوب خلال جلسة التأسيسية في سياق الكلام عن القضاء العسكري "ما كان يجب ألا تخرج عما درجت عليه الدساتير السابقة وهو باب القوات المسلحة". من جانبه, قال اللواء مجدي بركات ممثل القضاء العسكري بالتأسيسية, معقبا أن القضاء العسكري قضاء طبيعي لأنه قاضي اختصاص يطبق معايير العدالة, إضافة إلى أنه وفقا لقانون القضاء العسكري المعدل في 2007 أن القضاء العسكري مستقل وان الهيئة فقط هي التي تتبع القوات المسلحة. وأضاف "إذا تكلمنا عن السلطة القضائية انها مستقلة وعددنا المحاكم يجب أن توضع المحاكم العسكرية ضمن هذا النص فهي محاكم تفصل في نزاه وجنح وتقضي في عقوبات تصل إلى الإعدام أما إذا أخذنا بمبدأ العمومية كما حدث في دستور 71". من جهته قال صبحي صالح ممثل حزب الحرية والعدالة داخل الجمعية التاسيسية "إذا اختل ميزان العدالة فلن تقوم قائمة للدولة", ودعا إلى تقديم المصلحة العامة المجردة حتى نستطيع ان نرسي قواعد حقيقية وقال نحتاج عدالة مجرد وقضاء مستقل محصن. فيما قال الدكتور محمود غزلان المتحدث الرسمي لجماعة الاخوان المسلمين وممثلها أن القضاء العسكري يتبع القوات المسلحة التي تتبع السلطة التنفيذية ومن ثم لا يكمن تسميتها سلطة قضائية فكل ما يتبع السلطة القضائية لايجب ان يتبع السلطة التنفيذية وقال أحمد خليفة ممثل هيئة قضايا الدولة بالجمعية إنه في باب القوات المسلحة وضعنا لهم نفس الضمانات الموجودة في القضاء العادي بما يضمن عدالة واستقلال القضاء العسكري. ثم ناقشت الجمعية بعض مواد مسودة السلطة القضائية ووافقت على بعض النصوص.. المادة (172) : السلطة القضائية مستقلة, تتولاها محاكم القضاء العادي ومجلس الدولة والمحكمة الدستورية العليا, وتصدر أحكامها, وفقا للقانون, ويبين القانون صلاحياتها واختصاصاتها, والتدخل في شئون العدالة, أو القضايا جريمة لا تسقط بالتقادم. والمادة (173) تقوم كل هيئة قضائية على شئونها, ويكون لكل منها موازنة مستقلة, ويؤخذ رأيها في مشروعات القوانين المنظمة لشئونها, وذلك وفقا لما ينظمة القانون. والمادة (174) القضاة مستقلون وغير قابلين للعزل, ولا سلطان عليهم فى عملهم لغير القانون, ويتساوى النظراء منهم في المعاملة المالية, ويحدد القانون شروط وإجراءات تعينهم وينظم مساءلتهم تأديبيا, ولا يجوز ندبهم إلا وفي الأعمال التي يحددها القانون. وقد أثارت الفقرة 174 المتعلقة بندب القضاة جدلا واسعا, وقال عمرو عبدالهادي "إما أن نحظر الندب نهائيا, أو يكون كاملا وبلا أجر". وقال الدكتور أحمد دياب "إن الندب يشترط إلى يعطله عن إنجاز أعماله حتى لا يؤثر الندب على العدالة الناجزة". وقال المستشار ماجد شبيطة "الذي يمثل مجلس الدولة هو المجلس الخاص وليس نادي مجلس الدولة" .. موضحا أنه لا يوجد دستور في الدنيا يتحدث عن ندب فهذا أمر عجيب",ودعا إلى إحالته إلى القانون, وأشار إلى أن الأعمال التي يحددها القانون. واشترط الدكتور فريد اسماعيل للندب ان يتم انجاز القاضي لأعماله, وقال تيمور مصطفى "عملية الحظر الكامل للندب في الدستور لم تحدث قبل ذلك". وقال الدكتور داود الباز إن المستفيد من الندب هو الدولة ليس العضو عندما يكون الندب مجانيا, وأضاف "لابد أن نعلم أن هناك أمر كشفت عنه وقائع الثورة, فهناك كثير من مخالفات الاستقلال. وتابع "هل المنتدبون يوافقون على أن يكونوا مسئولين مسئولية جنائية مع الجهة التي ينتمون إليها في حالة ارتكاب مخالفة?, وأجاب الكل سيرفض". والمادة (175) جلسات المحاكم علنية, إلا إذا قررت المحكمة سريتها, مراعاه للنظام العام أو الآداب ... وفى جميع الأحوال يكون النطق بالحكم فى جلسة علنية. والمادة (176) يختص القضاء العادى بالفصل فى المنازعات والجرائم كافة عدا ما تختص به جهة أخرى, كما يختص بالفصل في كافة المنازعات المتعلقة بشئون أعضائها. والمادة (177) النيابة العامة شعبة اصيلة من القضاء العادي , تتولى التحقيق ورفع ومباشرة الدعوى الجنائية عدا ما يستثنيه القانون ويحدد القانون اختصاصاتها الاخرى ويحدد القانون اختصاصتها الأخرى.. ويتولى النيابة العامة نائب عام يعين بقرار من رئيس الجمهورية بناء على اختيار مجلس القضاء الاعلى من بين نواب رئيس محكمة النقض والرؤساء بالاستئنافوالنواب العامين المساعدين وذلك لمدة اربع سنوات او للمدة الباقية حتى بلوغه سن التقاعد ايهما اقرب ولمرة واحدة طوال مدة عمله. والمادة( 178) مجلس الدولة جهة قضائية مستقلة, قائمة بذاتها, يختص وحده دون غيره بالفصل فى كافة المنازعات الإدارية ومنازعات التنفيذ المتعلقة بأحكامة, كما يختص بالدعاوى والطعون التأديبية, ويتولى الإفتاء في المسائل القانونية التى يحددها القانون, ومراجعة وصياغة مشروعات القوانين والقرارات ذات الصفة التشريعية التى تحال إليه. والمادة (179) المحكمة الدستورية العليا جهة قضائية مستقلة, قائمة بذاتها, مقرها مدينة القاهرة, تختص دون غيرها بالفصل فى دستورية القوانين واللوائح ومنازعات التنفيذ المتعلقة بأحكامها, وتفسير النصوص التشريعية, كما تتولى الفصل فى تنازع الاختصاص بين الجهات القضائية وتناقض الأحكام, ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى, وينظم الإجراءات التى تتبع أمامها.