رفض حزب التحالف الشعبي ما وصفه بالخطاب التكفيري الطائفي الذي يصاحب كل مؤتمرات دعم د. مرسى في انتخابات الرئاسة حيث اشار الى ان الشيخ سعيد عبد العظيم القيادي في الدعوة السلفية وعضو الجمعية التأسيسية لكتابة الدستور وعضو الهيئة الشرعية للحقوق والإصلاح باتهام الفريق شفيق في مؤتمر علني بأنه كافر دينه " الليبرالية"، هو امر غبر لائق. وانتقد التحالف فى بيان له -الخميس - ما صرح به بعض أئمة المساجد في قنا في اجتماع يوم الثلاثاء 12 يونيو بتصريحات مثيله أخطرها بان شفيق حصل على 30% من الأصوات وهى نفس عدد الفلول في عهد الرسول ،مشيرا الى ان تلك التصريحات تكفير ضمني لخمسة مليون مصري أعطوا أصواتهم للفريق شفيق في انتخابات الجولة الأولى. واكد على الرغم من انه يرفض يرفض الفريق احمد شفيق ويعتبره مسئول جنائيا وسياسيا على قتل الثوار في موقعة الجمل ويرفض بالأساس خوضه انتخابات الرئاسة، ويعتبر هذا تحدى فج للثورة، إلا أنه يرى في هذه التصريحات الطائفية خطرا شديدا على تماسك النسيج الوطني وعلى المجتمع فهذه الخطابات التي تبناها التيار الإسلامي وأستغلها في كل الانتخابات في المرحلة الانتقالية قد لعبت دور في شق الصف الوطني وحصار الثورة ، بل لعبت دورا في تسميم المجتمع وشحنه بطاقات الكره والتحريض، الأمر الذي فرغ الثورة المصرية من محتواها النقي وشوه قيمها الإنسانية الأصيلة التي تجلت في ميادين التحرير في كل أرجاء الوطن. وحذر التحالف الشعبي من وتيرة التحريض الطائفي والتكفير التي يمارسها التيار الإسلامي لأغراض انتخابية في صراعه مع المجلس العسكري على السلطة. ودعا مرشح حزب الحرية والعدالة د. محمد مرسى إلى إرسال رسالة علنية لكل مؤيدية في كل أنحاء مصر بالكف عن هذا النوع من الدعاية السوداء التي تهدد امن الوطن وصفاءه بل تعلب دورا حاسما في إجهاض ثوره، فإذا كان الأخوان المسلمون يناشدون القوى الوطنية بالاصطفاف خلفهم باعتبار أن مرشحهم هو مرشح الثورة فانه من الأولى أن يقفوا وقفة صلبة أمام هذا الممارسات والخطابات المحرضة والطائفية فهذه الممارسات هي اكبر تهديد للثورة ومشروعها بل هي ممارسات لتخريب الوطن.