وزير التعليم العالى المحسوب على جماعة الإخوان قام بأكبر عملية إحلال وتبديل واسعة شهدتها المناصب القيادية فى الوزارة استعان خلالها الوزير بمعظم كوادر الإخوان الجامعية وزملائه لتولى مناصب بعيدة كل البعد عن تخصصهم الوظيفى، بدءا من الدكتور أحمد فرحات أستاذ هندسة إنشاءات قسم مدنى الذى تم انتدابه لرئاسة قطاع التعليم وشؤون التنسيق، مرورا بكواد الإخوان الدكتور سيف فطين مستشار الوزير للاتصال السياسى وذراعه اليمنى فى إدارة الوزارة، والدكتورة نبيلة هانى رئيس قطاع التنمية والخدمات الناشطة فى مجال العمل النسائى للجماعة، والدكتور عامر عبد المقصود الإخوانى الذى انضمّ إلى قائمة مستشارى الوزير بسبب صداقته للدكتور سيف فطين، والدكتور محمد سمير حمزة الإخوانى الذى تولى رئاسة قطاع التبادل العلمى والثقافى قبل أيام إلى جانب رئيس قطاع مكتب الوزير سمير شحاتة. كما سيطر الإخوان على معهد إعداد القادة بحلوان عن طريق الدكتور طارق بدر الدين والدكتور أيمن الغايش اللذين يقومان بنفس الدور الذى كان يقوم به أساتذة الحزب الوطنى لتربية كوادر حزبية من شباب المحافظات عن طريق كورس مكثف من محاضرات غسل مخ الطلاب وتلميع عدد من الشخصيات المحسوبة على الحزب والحكومة الذين استُبدل بهم شخصيات محسوبة على جماعة الإخوان وحزب الحرية والعدالة وأعضاء حكومة الدكتور هشام قنديل خصوصا الإخوان منهم.