رصد متابعون للشئون الإسلامية إنتشار الفكر السلفي بالإسكندرية بشكل ملحوظ، فضلاً عن انتشار المد السلفي داخل الحرم الجامعي وارتفاع معدل سيطرة السلفيين علي المساجد بربوع الإسكندرية في الوقت الذي تحارب فيه الدولة الفكر السلفي من خلال مؤسسة الأزهر والمؤسسات الحكومية وتمنع المنقبات من دخول الامتحانات أو السكن بالمدن الجامعية وهو ما يعكس التناقض بين التوجه السياسي للدولة والتوجه الأمني. ففي الوقت الذي ترفض إدارة الجامعة السماح للمنقبات بالالتحاق بالمدن الجامعية بالإسكندرية سمحت أجهزة الأمن لشباب الدعوة السلفية بالسيطرة علي مساجد كليات المجمع النظري وبعض الكليات العملية بالإسكندرية، حيث يسيطر شباب الدعوة السلفية بشكل كامل علي مسجد كلية الحقوق بالإسكندرية ومسجد كلية التربية ومسجد كلية الطب، بداية بالإمامة في الصلاة ومروراً بالكلمات الوعظية وانتهاءً بمكتبة المسجد التي تضم عدداً كبيراً من مؤلفات وأشرطة شيوخ الدعوة السلفية.كما سمحت الأجهزة الأمنية للدعاة السلفيين بالانتشار داخل مساجد الإسكندرية بشكل ملحوظ حيث يقوم الشيخ محمد بن إسماعيل المقدم بإلقاء مجموعة من الخطب والدروس بمسجدي أبي حنيفة بمنطقة بولكلي ومسجد الفتح بمنطقة مصطفي كامل، كما يقوم الشيخ أحمد حطيبة بإلقاء الخطب والدروس بمسجد نور الإسلام بمنطقة باكوس، ويحاضر الشيخ ياسر برهامي بمسجد الخلفاء الراشدين بمنطقة أبو سليمان، ويلقي الشيخ سعيد عبد العظيم الدروس بمسجد ابن كثير بمنطقة فلمنج. كما يسيطر أرباب الدعوة السلفية علي العديد من المساجد الكبري بالإسكندرية كمساجد عباد الرحمن بمنطقة الشاطبي ومسجد الدغيدي بمنطقة كرموز وغيرها من المساجد الكبري بالإسكندرية. فيما يسيطر السلفيون علي أكثر من 300 مسجد بأماكن متفرقة من الإسكندرية خاصة في المناطق العشوائية والمناطق الجديدة، وكون السلفيون مجموعة من المعاقل التي بدأوا فيها بمحاربة الوجود الإخواني كمنطقة أبوسليمان والدخيلة والورديان والعصافرة. كما بدأت الجماعة السلفية في تنظيم صلاة العيد بالساحات العامة لحشد آلاف المصلين، فيما قام عدد من ضباط أمن الدولة المسئولين عن الملف الديني بالجهاز بمساعدة عدد من شيوخ السلفيين بالإسكندرية في تنظيم صلاة العيد وصلاة الجمعة في ساحات عامة لحشد المصلين. وفي الوقت الذي شنت فيه الأجهزة الأمنية حملات مداهمة للمساجد الأهلية التابعة لجماعة الإخوان المسلمين وقامت باعتقال عدد من الرموز الدينية للجماعة بالإسكندرية ومنهم د.توكل مسعود - الشيخ أسامة فتوح - الشيخ محمد المصري - الشيخ أبو زيد محمد ) وقامت بتسليم المساجد ذات السيطرة الإخوانية إلي شيوخ الدعوة السلفية لمواجهة الفكر الإخواني في الشارع، وساعدت الأجهزة الأمنية شيوخ الدعوة السلفية في تنظيم صلوات العيد في الأماكن القريبة من الساحات التي تنظم بها جماعة الإخوان المسلمين صلوات العيد. وعلي الرغم من تدخل العديد من رموز الحركات الإسلامية كالشيخ المحلاوي والشيخ عبد رب النبي توفيق لحل الخلافات بين جماعة الإخوان وبين أنصار الدعوة السلفية والمتمثلة في فرض السلفيين السيطرة علي المساجد التابعة للإخوان وافتعال الأزمات داخل المساجد بما يؤدي إلي قيام وزارة الأوقاف بضمها إليها وطرد عناصر الإخوان من المسجد، إلا أن شيوخ الدعوة السلفية تنصلوا من وعودهم ولم يلتزموا بحكم أساتذتهم تنفيذاًَ لتعليمات أمنية. كمااستعانت أجهزة الأمن بشيوخ الدعوة السلفية في تشويه مرشحي الإخوان في الانتخابات التشريعية الأخيرة. من جانبه استنكر محب عبود - عضو مركز ضحايا لحقوق الإنسان - تعامل الدولة مع ملف الإسلاميين، مشيراً إلي أن الدولة تتاجر بالدين ثم تعود لتتهم الجماعات الإسلامية بالاتجار به. لافتاً إلي أن الدولة تحارب الفكر الإخواني بفكر إسلامي آخر أكثر تشدداً وتمنع الفكر الإسلامي الأقرب إلي المجتمع المدني من الوجود في الشارع. وأرجع «عبود» سماح الدولة للفكر السلفي بالانتشار إلي أن السلفيين بالإسكندرية اختاروا السلفية العلمية التي تبتعد عن السياسة وتحرم العمل بها وأضاف : النظام يعلم أن الجماعات السلفية لا تستطيع مواجهته لذلك فهي توجه تشددها وتطرفها تجاه المجتمع وهو ما لا يشغل للنظام بالا في حين ينشغل حسام الوكيلالنظام بمواجهة الفكر الإخواني الأكثر تصالحاً مع المجتمع والأقل تشدداً إلا أنه يواجه النظام.