تنتشر المساجد في أماكن مختلفة ومقاطعات عدة في دولة إندونيسيا، وسنتناول اليوم أشهر هذه المساجد وهي: مسجد الاستقلال يقع مسجد الاستقلال في مدينة جاكرتا عاصمة دولة إندونيسيا، ويُعدّ أكبر مسجد في جنوب شرق آسيا وهو الأعلى كثافة أيضا في عدد المصلين حيث يسع ما يزيد على 120 ألف مُصلٍ، وهو يقع بالقرب من ساحة ميرديكا وكاتدرائية جاكرتا. وسُمّي المسجد بهذا الاسم إحياءً للذكرى الوطنية لاستقلال إندونيسيا، حيث حصلت على استقلالها خلال الحرب العالمية الثانية عام 1945، وقد تم افتتاح المسجد في 22 فبراير عام 1978. وقد انطلقت فكرة إنشاء هذا المسجد الوطني لإندونيسيا على يد وحيد هاشم -أول وزير للشئون الدينية في إندونيسيا- والذي عُيّن بعد ذلك رئيسا لمؤسسة مسجد الاستقلال، المختصة بالإشراف على بناء المسجد الذي استمر لمدة 17 سنة، وقد رحب بالفكرة في ذلك الوقت الرئيس الإندونيسي سوكارنو وقام على دعمها. هناك 7 أبواب لدخول المسجد سُمّيت بأسماء الله الحسنى، والمسجد له قبتان: رئيسية وثانوية، ومئذنة مرتفعة، وفي مدخل البوابة الرئيسية للمسجد توجد قاعة الصلاة الرئيسية التي تعلوها القبة الرئيسية الكبيرة التي يبلغ قطرها 45 مترا، والرقم 45 يرمز إلى إعلان الاستقلال عام 1945. وزينت القبة الرئيسية الكبيرة بزخارف مصنوعة من الفولاذ المقاوم للصدأ، ويوجد في قمتها شكل الهلال والنجمة، والذي يرمز إلى الإسلام، ويزين القبة الثانوية الأصغر حجما الفولاذ أيضا, وقمتها منقوش عليها اسم الله بالخط العربي، وتوجد في قاعة الصلاة الرئيسية عدة أعمدة مستديرة يبلغ عددها 12 عمودا، وهي ترمز إلى يوم ميلاد الرسول صلى الله عليه وسلم الموافق 12 ربيع أول. يوجد في الواجهة الرئيسية القبلة والمحراب والمنبر، ومكتوب على الجدار الرئيسي لها اسم الله على الجانب الأيمن ومحمد على الجانب الأيسر بحروف هجاء معدنية كبيرة، وتتوسطهما الآية 14 من سورة طه. يقع مسجد ميدان الكبير في مدينة ميدان شمال سومطرة مسجد ميدان الكبير/ مسجد راية يقع مسجد ميدان الكبير في مدينة ميدان شمال سومطرة بدولة إندونيسيا، وقد تم بناؤه عام 1906 على يد المهندس المعماري الهولندي دينجيمانز. بُني مسجد ميدان على الطراز المغربي، وهو يتميز بوجود 4 قباب كبيرة في أركانه الأربعة الرئيسية. ويعتبر من أهم المعالم التاريخية الموجودة في المدينة، وقد نجا من الزلزال المدمر تسونامي الذي ضرب ساحل المدينة.
يقع مسجد بيت الرحمن في وسط مدينة باندا آتشيه مسجد بيت الرحمن الكبير يقع مسجد بيت الرحمن في وسط مدينة باندا آتشيه بإقليم آتشيه في إندونيسيا، وهو من أكبر المساجد الموجودة في إقليم آتشيه، وله أهمية رمزية كبيرة لشعب إقليم آتشيه باعتباره رمزا للدين والثقافة لديهم. قام بوضع تصميم المسجد مهندس معماري إيطالي، وتم البدء في بنائه عام 1879، واكتمل عام 1881، وقد نجا المسجد من إعصار تسونامي المدمر عام 2004، الذي دمر جزءا كبيرا من المدينة التي بُني فيها. يجمع تصميم المسجد بين سمات الطراز الهندي، وسمات الطراز التقليدي للمساجد المتبع في مدينة باندا آتشيه، ويظهر فيه مدى التفرد الثقافي والمعماري الذي يتميز به إقليم آتشيه. يقع مسجد السلطان سيريانسياه في مدينة بانجر مسجد السلطان سيريانشياه مسجد السلطان سيريانسياه هو مسجد تاريخي يقع في مدينة بانجارماسين بإندونيسيا وهو أقدم مسجد في جنوب إقليم كاليمانتان، وقد تم بناؤه في عهد السلطان سيريانشياه (1526 - 1550) الذي يُعدّ أول ملك يعتنق الإسلام لمدينة بانجارماسين. كانت المدينة التي يقع فيها المسجد تُعرف باسم بانجر قديما، وتحديدا في نفس موقع عاصمة سلطنة بانجر، ويوجد بجانب المسجد ضريح السلطان سيريانشياه. تم إنشاء المسجد على ضفاف نهر كوين، وطرازه يتخذ شكلا من أشكال العمارة التقليدية المتبعة في هذه المدينة، ويتميز المحراب بأن له سقفا منفصلا داخل المبنى الرئيسي للمسجد.