أكد تقرير للجهاز المركزي للمحاسبات صادر في يونيو 2010 مكتوب عليه "سري للغاية" أن تخلف النظام الجامعي يجيء في وقت بلغ فيه إجمالي المنصرف علي الجامعات "سم التعليم" خلال 2008/2009 نحو 331.7 مليار جنيه مقابل 647.6 مليار جنيه عام 2007/2008 بزيادة بلغت حوالي 684 مليون جنيه بنسبة 3.10%. وأكد أداء الخدمة التعليمية بالجامعات الحكومية التابعة للمجلس الأعلي للجامعات بالتخلف وعدم القدرة علي الأخذ بمستحدثات العلم والمعرفة، مؤكدا معاناة الجامعات من مشكلة الأعداد الكبيرة من الطلاب، وعدم كفاية أعضاء هيئة التدريس بها وأيضا عدم توافر احتياجات الجامعات من الأجهزة والخدمات والمستلزمات وسوء حالة العديد من المنشآت التعليمية والمرافق المكملة لها وتردي حالة بعض المكتبات، موضحاً أن هناك هبوطاً واضحاً في مستوي الدراسات العليا بالجامعات وعدم كفاية الاعتمادات المالية المخصصة لتوفير احتياجات الجامعات. وأرجع التقرير الزيادة في مصادر التمويل إلي زيادة التمويل الحكومي البالغ نحو 747.5 مليار جنيه عام 2008/2009 مقابل 55.5 مليار جنيه عام 2007/2008 بزيادة نحو 692 مليونا بنسبة 7.13% كما بلغ إجمالي ما ينفق علي الطالب علي المستوي الجامعي 4537 جنيها عام 2008/2009 مقابل 3949 جنيهاً عام 2007/2008 بزيادة 588 جنيها بنسبة 9.14% ويتراوح هذا المتوسط ما بين 2995 جنيها بجامعة طنطا و6766 جنيها بجامعة القاهرة عام 2008/2009. وحذر التقرير من وجود مجموعة من الظواهر السلبية بمعامل الكليات العملية خاصة معامل الكيمياء بأنواعها ومعامل البيولوجي وتتمثل في عدم وجود نظام للمعالجة والتخلص الآمن من مخلفات التجارب حيث يتم إلقاء المخلفات الخطيرة السائلة - خاصة مخلفات التجارب الكيميائية - في شبكات الصرف الصحي العمومية قبل معالجة هذه المخلفات في حين يتم التخلص من النفايات الصلبة "الخطرة" في القمامة العادية مما يؤثر بالسلب في هذه الشبكات والبيئة المحيطة.. وقد ظهر ذلك بكليات البنات وطب الأسنان والصيدلة ومعهد الدراسات العليا للطفولة بجامعة عين شمس وكليتي الصيدلة والعلوم بجامعة بني سويف وكليتي الصيدلة والعلوم جامعة المنصورة. وكشف التقرير وجود عشر جامعات حكومية يزيد فيها عدد الطلاب المقيدين علي المعدلات الدولية المتفق عليها وهي 50 ألف طالب وطالبة وهي جامعات القاهرة والإسكندرية وعين شمس حيث بلغ عدد الطلاب بها علي التوالي 9.189، 4.175، 9.170 ألف طالب وطالبة كما تجاوزت ضعف المعدل بكل من جامعات المنصورة والزقازيق وحلوان حيث بلغ عدد الطلاب بها 125، 102، 100 ألف طالب وهو ما يؤثر بالضرورة في القدرة الاستيعابية للطلاب وكذلك يفقد العملية التعليمية أحد أهم ركائزها القائمة علي تبادل الحوارات. وفي السياق ذاته، كشف التقرير تجاوز أعداد المقبولين ببعض الكليات أكثر من ضعف الطاقة الاستيعابية لها، فقد بلغ علي سبيل المثال عدد المقبولين بكلية الألسن 3031 طالبا بينما قدرتها الاستيعابية لا تتعدي ال 770 طالبا فقط أي بزيادة 2261 طالبا وهي نسبة 294%، ومن الكليات العملية المفترض قلة أعدادها فقد بلغ متوسط عدد المقبولين بالكليات العملية لعام 2009 أيضا 8470 طالبا للكلية بينما قوة استيعابها 2575 طالبا فقط بزيادة 5895 طالبا أي بنسبة 228% . وفيما يخص هيئة التدريس بالجامعات المصرية فإن هناك "541" أستاذا جامعيا لم يتواجدوا بالفعل في عام 2009 حيث كان عددهم في عام 2008 "29060" أستاذاً جامعياً بينما انخفض العدد إلي 28519 مدرسا جامعياً عام 2009. وحول خدمة الإسكان الطلابي بالمدن الجامعية، ذكر التقرير وجود تكدس طلابي ببعض المدن الجامعية، حيث زادت نسبة الإشغال الفعلي علي السعة المقررة بأربع مدن جامعية في جامعات أسيوط، وقناة السويس والإسكندرية وعين شمس حيث بلغ عدد الطلاب المقيمين بمدن الإسكان الطلابي 9.113 ألف طالب وطالبة خلال عام 2009. وكشف التقرير تفصيليا عن سوء الخدمات المقدمة في بعض المدن، من سوء حالة الصرف بالصالات الخاصة بالطعام بالمدينة السكنية الخاصة بجامعة القاهرة، حيث أفاد العاملون أنفسهم بمعاناتهم الخاصة بالصرف بخلاف سوء حالة وتهالك أرضيات وأسقف الطرقات الخاصة بأحد المباني وتهالك كبير جدا بجميع أبواب دورات المياه، ووصف التقرير جميع الوحدات التي تستخدم لنقل الطعام من المطبخ إلي المطعم "بعدم الصلاحية" وكذلك انخفاض كفاءة أواني الطهي بالبخار وتعطل ثلاجات التجميد الخاصة بالمدينة منذ عامين. وأيضا تعطل 79 بوتاجازاً بالمباني وكثرة أعطال السخانات وحينما خاطب الجهاز الإدارة الهندسية بالمدينة لإصلاح الأجهزة أفادوا بأنهم يصلحونها كثيرا ولاتزال تتعطل. وفيما يخص المدينة الجامعية بكلية البنات، فأفاد بتقادم وتهالك أرضيات بعض المباني، علاوة علي رشح بالأسقف والحوائط والأمر ذاته ينطبق علي السكن الجامعي بمدينة نصر الذي ثبت وجود رشح بالمياه في الحمامات.. وبالنسبة لجامعة بني سويف، فقد كشف التقرير وجود تلفيات بالصرف الصحي للحمامات الخاصة بها وعدم وجود مكان مخصص للطعام!