لنوعية المياه والرواسب القاعية والهائمات النباتية والحيوانية والأسماك وذلك بالتعاون مع المعهد القومي لعلوم البحار والمصايد وتم بالفعل الانتهاء من المرحلة الأولي. وأوضحت نتائج رصد نوعية المياه ببحيرة البردويل إنها من أنقي البحيرات الشمالية وذلك لأنها لم تتعرض حتي الآن لأية مصادر تلوث لوجود تعاون مستمر مع الجهات المعنية للحفاظ عليها من التلوث وعدم السماح بإلقاء أي صرف مخالف بها وأظهرت نتائج العد البكتيري بالبحيرة أنها أقل من الحدود المسموح بها طبقا لمقياس المجموعة الأوروبية ومقياس وزارة الصحة لمياه الشواطئ أما بحيرة المنزلة فهي أقل البحيرات في العد البكتيري للبكتريا. وأضاف التقرير أن هناك تفاوتا بين بحيرات ادكو والمنزلة والبرلس في تركيز الحديد حيث إن أقل نسبة بادكو تليها البرلس ثم المنزلة أما بحيرة مريوط فهي الأعلي في بعض القياسات مثل الزئبق والنحاس والرصاص والمنجنيز والنترات والأمونيا . ويشير التقرير إلي أن وزارة البيئة تولي اهتماما كبيرا لإعادة تأهيل المناطق الملوثة ببحيرة مريوط والحد من مصادر التلوث بها. الجدير بالذكر أن للبحيرات الشمالية أهمية اقتصادية بالغة في إنتاج الأسماك والذي يبلغ أ:ثر من الإنتاج الإجمالي للبحيرات علي مستوي الجمهورية كما أنها تعتبر مأوي مهما لمئات الآلاف من الطيور المهاجرة في موسم الهجرة وخاصة بحيرة البردويل . وفي هذا السياق تؤكد د.وفاء منسي أستاذ البيئة بجامعة الإسكندرية أن البحيرات الشمالية في تقلص مستمر وذلك لزيادة صرف المخلفات الزراعية وصرف مخلفات المنشآت الصناعية مما سيؤدي إلي تقلص المساحة واندثار الكائنات الحية بالبحيرات والأسماك الموجودة بالبحيرات مهددة بالتسمم جراء إلقاء المخلفات بالبحيرة.