برنامج يختص بالمتابعة الدورية للوضع البيئي لنوعية المياه والرواسب القاعية والهائمات النباتية والحيوانية والأسماك. وقد تم البدء في تنفيذ هذا البرنامج في اغسطس 2009 بالتعاون مع المعهد القومي لعلوم البحار والمصايد وتم بالفعل الانتهاء من الرحلة الحقلية الأولي والتي استهدفت رصد عدة قياسات للعينات المائية والرواسب القاعية باستخدام الطرق القياسية طبقا لنظام الكفاءة والجودة "ايزو 17025". وأوضحت نتائج رصد نوعية المياه ببحيرة البردويل انها من انقي البحيرات الشمالية وذلك لأنها لم تتعرض حتي الآن لأية مصادر تلوث نظرا لوجود تعاون مستمر مع الجهات المعنية للحفاظ عليها من التلوث وعدم السماح بإلقاء أي صرف مخالف عليها وأظهرت نتائج العد البكتيري بالبحيرة انها أقل من الحدود المسموح بها طبقا لمقياس المجموعة الأوروبية ومقياس وزارة الصحة المصرية لمياه الشواطئ والاستحمام، كما أشارت النتائج إلي ان بحيرة المنزلة اقل البحيرات في العد البكتيري للبكتريا الكروية السبحية وبكتريا القولون النموذجية الكلية تليها بحيرة ادكو ثم البرلس كما أشارت النتائج أيضا إلي ان بحيرة ادكو الاقل في العد البكتيري لبكتريا الايشيرشياكولاي ثم تليها البرلس فالمنزلة. وبالنسبة لبحيرة ادكو والمنزلة والبرلس فقد اتضح وجود تفاوت في تركيز الحديد حيث كانت أقل نسبة ببحيرة ادكو تليها بحيرة البرلس ثم المنزلة أما عن تركيز المبيدات الكلية والمغذيات فوجد ان بحيرة البرلس الأقل تركيزا تليها المنزلة ثم ادكو أما عن بحيرة مريوط فوجد انها الأعلي في بعض القياسات مثل "الزئبق، والنحاس، والرصاص، والمنجنيز، والنترات، والأمونيا، وعدة بكتريا الايشيرشياكولاي" بين البحيرات الشمالية.