أعدت وزارة الدولة لشئون البيئة إستراتيجية متكاملة لإدارة البحيرات الشمالية المصرية (البردويل، المنزلة، البرلس، ادكو، مريوط)، وتهدف الإستراتيجية إلى تحقيق تنمية مستدامة للبحيرات والحفاظ عليها من التلوث، من خلال برنامج يختص بالمتابعة الدورية للوضع البيئى لنوعية المياه والرواسب القاعية والهائمات النباتية والحيوانية والأسماك. وتم البدء فى تنفيذ هذا البرنامج فى أغسطس 2009، بالتعاون مع المعهد القومى لعلوم البحار والمصايد، وتم بالفعل الانتهاء من الرحلة الحقلية الأولى، والتى استهدفت رصد عدة قياسات للعينات المائية والرواسب القاعية باستخدام الطرق القياسية طبقا لنظام الكفاءة والجودة ( أيزو 17025). وأوضحت نتائج رصد نوعية المياه ببحيرة البردويل أنها من أنقى البحيرات الشمالية، وذلك لأنها لم تتعرض حتى الآن لأية مصادر تلوث نظرا لوجود تعاون مستمر مع الجهات المعنية للحفاظ عليها من التلوث وعدم السماح بإلقاء أى صرف مخالف عليها. وأظهرت نتائج العد البكتيرى بالبحيرة ، أنها أقل من الحدود المسموح بها طبقا لمقياس المجموعة الأوربية ومقياس وزارة الصحة المصرية لمياه الشواطئ والاستحمام. كما أشارت النتائج إلى أن بحيرة المنزلة أقل البحيرات فى العد البكتيرى للبكتريا الكروية السبحية، وبكتريا القولون النموذجية الكلية يليها بحيرة إدكو ثم البرلس، كما أشارت النتائج أيضا إلى أن بحيرة إدكو الأقل فى العد البكتيرى لبكتريا الإيشيرشياكولاى ثم يليها البرلس فالمنزلة.