سراج الدين أمرت نيابة الأموال العامة بالإسكندرية بحبس يحيى منصور رئيس القطاع المالي والإداري السابق لمكتبة الإسكندرية 15 يوم على ذمة التحقيق ، كما امرت بإخلاء سبيل كلا من محمد السمّاك مدير الشؤون الإدارية ، وأشرف مهدى مدير الحسابات بالكتبة ، بكفالة قدرها 20 ألف جنيه لكل منهما، بعد أن وجهت لهما النيابة اتهامات " إهدار المال العام والتربح من خلال الوظيفة والكسب غير المشروع " . هذا وقد وردت أنباء عن استدعاء الدكتور اسماعيل سراج الدين مدير المكتبة، للاستماع لأقواله فيما نسب إليه من بلاغات تتهمه بإهدار المال العام والتربح من خلال الوظيفة . كان عدد من العاملين بمكتبة الإسكندرية قد تقدموا ببلاغات إلى نيابة الأموال العامة ، بعد سلسة من الاحتجاجات والمظاهرات التى قادها العاملين بها احتجاجا على بعض السياسات ، والفساد المالى المتمثل فى اهدار المال العام ، والفساد الادارى ، اتهموا فيها الدكتور إسماعيل سراج الدين مدير المكتبة . واتّهم البلاغ رقم 71 لسنة 2011 "سراج الدين" بتعيين مستشارين بمرتبات كبيرة تصل إلى عشرات الآلاف من الجنيهات، على الرغم من عدم حاجة العمل اليهم، وتمييزهم عن العاملين الدائمين، الامر الذى جعل الموظفين المعينين يطالبون بمساواتهم بعاملي العقود- حسب ماورد بالبلاغ. وقد وجهت النيابة اتهامات ل"سراج الدين" بتغيير السيارات الخاصة بالمكتبة فى فترات قصيرة جدًا،واستبدالهم بسيارات "فارهة" حديثة الموديل يصل سعر الواحدة منها إلى مليون جنيه، فضلًا عن سماحه بإنشاء مطاعم وكافيتيريات بساحة المكتبة وذلك بالأمر المباشر، بالاضافة الى تنظيمه سفريات خاصة على الخطوط الجوية الأوروبية على حساب المكتبة . من ناحية اخرى، حول "سراج الدين" ، أحد الموظفين للتحقيق الداخلى، وأوقفه عن العمل بتهمة اقتحام مكتبه، وإتلاف البوابات الخاصة به . وأمرت النيابة باستدعاء 6 موظفين من معتصمى المكتبة، بعد أن اتّهمهم "سراج الدين" بسبه و قذفه، والاعتداء عليه أثناء تأديته عمله، وإتلاف بعض مقتنياته بالمكتبة.