تقدمت جامعة النيل بسبعة طلبات إحاطة لمجلس الشعب تطالب الحكومة ومجلس الوزراء باسترداد مباني الجامعة المخصصة لمدينة زويل للعلوم . قال د. طارق خليل رئيس الجامعة أن طلبات الاحاطة موجهة للدكتور كمال الجنزوري رئيس مجلس الوزراء ود. حسين خالد وزير التعليم العالي وتتبناها لجان البحث العلمي والتعليم معترضًا على منع الطلاب من دخول المباني الجديدة للجامعة بمدينة السادس من أكتوبر وتخصيصها لمشروع مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا. أضاف فى تصريحات خاصة ل "اموال الغد" أن الجامعة رفضت طلب د. أحمد زويل العالم المصري الحاصل على جائزة نوبل بضم طلابها بمشروعه للعلوم والتكنولوجيا موضحًا أن طلاب الجامعة وباحثيها رفضوا "الانصهار" في مدينة زويل للعلوم أشار إلى أن مشروعات الجامعة للتعاون مع الجامعات الامريكية والاوروبية تشهد تراجعًا خلال المرحلة الحالية لعدم وضوح مستقبل المعامل والمنشأت البحثية الجديدة مشددًا على أنها من المحتمل أن تعلن عن تعاون جديد خلال العام الدراسي الجاري مدعومة بجهود العلماء المصريين في الخارج والذين يمثلون حلقة وصل بين جامعة النيل والجامعات الاجنبية. وأكد خليل على أن عدد من أعضاء مجلس الشعب ناقشو خلال جلسات متفرقة قضية جامعة النيل متهمين الحكومة بالتقصير في القضية بمنح مدينة زويل للعلوم اراضى الجامعة ومبانيها معتبرين الوضع الحالى إهمالاً في حق طلاب الجامعة منوهًا على أن مشكلة الجامعة مع الحكومة وليست مع د. زويل. صدر قرار من وزارة الاتصالات عام 2006 بأن تتولى الجامعة إجراءات توفيق أوضاعها كجامعة أهلية، والتنازل عن التجهيزات والأراضي والمباني الخاصة بالجامعة لصالح وزارة الاتصالات وقبول هذا التنازل.