كشف التقرير الذى أعده الجهاز المركزى للمحاسبات بسوهاج، عن قضية خطيرة تتسبب فى انتشار الأمراض بين المواطنين، وتنذر بكارثة بيئية خطيرة ، حيث كشف الجهاز عن إلقاء مصانع سكر جرجا مخلفات المصنع بنهر النيل، بالمخالفة لأحكام قانون حماية نهر النيل والمجارى المائية رقم 48 لسنة 1984 ومنشور وزارة المائية رقم 6 لسنة 2012، الذى يؤدى إلى تلوث مجرى نهر النيل، وتأثير ذلك على صحة المواطنين. وتقضى المادة 3 من قانون حماية نهر النيل والمجارى المائية، بأن تجرى أجهزة وزارة الصحة فى معملها تحليلًا دوريًا لعينات من المخلفات السائلة المعالجة من المنشآت، التى رخص لها بالصرف فى مجارى المياه؛ وذلك فى المواعيد التى تحددها؛ بالإضافة إلى ما تطلبه وزارة الرى من تحليل فى غير المواعيد الدورية، وتكون أجهزة وزارة الصحة هى المسئولة عن أخذ العينات، وتحليلها على نفقة المرخص له الذى يجب أن يودع مبلغًا لدى الوزارة يتم تحديده طبقا لنوعية المخلفات، وعلى ذمة أخذ العينات، ونقلها وتحليلها ويتم إخطار وزارة الرى وصاحب الشأن بنتيجة العينات، فإذا تبين أن المخلفات السائلة التى تصرف فى مجارى المياه مخالفة للمعايير والمواصفات المنصوص عليه بالترخيص الممنوح، ولا تمثل خطورة فورية، وجب على صاحب الشأن خلال مهلة 3 شهور من تاريخ إخطاره أن يتخذ الوسيلة المناسبة لعلاج المخلفات لتصبح مطابقة للمواصفات والمعايير المحددة. وأن يتم المعالجة خلال هذه الفترة واختبارها مرة أخرى وإذا لم تتم المعالجة عند انتهاء مهلة ال3 شهور، وثبت عدم صلاحيتها من حق وزارة الرى، أن تقوم بسحب الترخيص الممنوح لصاحب الشأن ووقف الصرف على مجارى المياه بالطريق الإدارى، وكان المنشور الذى صدر من وزارة الرى رقم 6لسنة 2012، والذى يلزم الإدارات بتحرير المحاضر اللازمة حيال المخالفين على ضوء نتيجة العينات المأخوذة بمعرفة وزارة الصحة. وكان جهاز شئون البيئة ممثلًا فى الإدارة العامة لفرع أسيوط قد قام بأخذ عينة من مياه الصرف النهائى للمصنع، وكانت نتيجة التحاليل إنها غير مطابقة للمعايير؛ وذلك لارتفاع تركيز الأكسجين المستهلك كيميائيًا والممتص حيويًا ومجموع المواد الصلبة العالقة والهيدروجين والفلورايد والفوسفات عن الحدود المسموح بها وفقا للمادة 61 لسنة 1982 بشأنه حماية نهر النيل وفروعه من التلوث، وقد تم إخطار رئيس قطاع المصنع، بتوفيق أوضاعه وألا بنهاية مهلة ال3 أشهر والتى بالفعل سيتم وقف الصرف بالقوة الجبرية إلا أنه حتى الآن لم يقم المصنع بتوفيق أوضاعه. ومازال التلوث قائمًا وما زال نهر النيل يصرخ ويستغيث برغم المذكرة التى عرضت على الدكتور يحى عبد العظيم محافظ سوهاج السابق، بهذا الشأن من حماية النيل بسوهاج، وتم تحرير عدة محاضر للمصنع برقم 32 لسنة 2012 بتاريخ 11/8/2012 ومحضر رقم 45بتاريخ 26/11/2012 وما زال الصرف مستمرًا، برغم من خطورة هذه المواد على الصحة العامة للمواطنين، وما تسببه هذه المخلفات من أمراض إلا أن المسئولين فى سوهاج لم يقوموا باتخاذ الإجراءات اللازمة.