أثارت قضية الأغذية والحاصلات الزراعية المعالجة بالهندسة الوراثية جدلا حولها حيث أشار بعض المتخصصين إلى وجود بعض المخاطر الصحية على الإنسان نتيجة لتناول المحاصيل المعدلة وراثيا، مؤكدين أنها تحتوى على بعض السموم الفطرية مثل الافلاتوكسين، والتى قد تتسبب فى الإصابة بسرطان الكبد في حين خلصت دراسة علمية في بريطانيا إلى أن المحاصيل المعدلة وراثيا تشكل خطرا ضئيلا للغاية على صحة الإنسان، وأن الأطعمة المصنوعة منها ربما تكون آمنة كتلك المصنوعة من المحاصيل التقليدية. تقول دكتورة نجلاء عبد الله رئيس قسم الهندسة الوراثية كلية الزراعة جامعة القاهرة أن الهندسة الوراثية معمول بها من فترة طويلة في دول كثيرة من العالم وللأسف تداولت وسائل الإعلام والصحافة فى الآونة الأخيرة معلومات خاطئة ومضلله عن استخدام أساليب الهندسة الوراثية والتكنولوجيا الحيوية فى مجال الزراعة وإنتاج الغذاء. بالإضافة الى ذلك قامت بنشر بعض الدراسات والأبحاث العلمية التى تم التصدي لها ورفضها من قبل الهيئات والمؤسسات والمراكز العلمية فى جميع أنحاء العالم. وأكدت عبد الله أن المحاصيل المعدلة وراثيا ليس لها أية أضرار علي البشر "وهذا ليس كلام مرسل" بل نتيجة أبحاث وتجارب قام بها خبراء في مجالات الصحة والهندسة الوراثية. وأشارت إلى أن أحد أهم العوائق أمام تنفيذ تجارب الهندسة الوراثية هو عدم وجود تنسيق بين الوزارات والهيئات التى من المفترض أنها تعمل معا, وأضافت أنه كان من المقرر أن يتولى رئيس الوزراء مسئولية التنسيق بين الوزارات والهيئات المتعاونة في مجال الهندسة الوراثية ,مؤكدة على أننا على أعتاب "مجاعة " بسبب نقص المياه ونقص خصوبة التربة وبالتالي نقص الإنتاج والمخرج الوحيد أمامنا هو المحاصيل المهندسة وراثيا والتي تستطيع التأقلم مع التغيرات المناخية المفاجئة. وأشارت إلى أن مفهوم الهندسة الوراثية ببساطة شديدة هو رفع قدرة النبات على تحمل الظروف الجوية المختلفة وزيادة انتاجه ومكافحته للحشرات دون تغيير أي من سماته الطبيعية عكس ماهو شائع . وقال دكتور أسامة ممتاز مدير معهد بحوث الهندسة الوراثية والزراعية أن الأمراض التي تسببها المحاصيل الزراعية ليست بسبب الهندسة الوراثية ولكن بسبب الإسراف في استخدام المبيدات من جانب المزارعين, واستنكر لجوء وسائل الإعلام إلى غير المتخصصين للحديث حول الهندسة الوراثية . وأضاف محمد عبد القادر نقيب الفلاحين أن الهندسة الوراثية تعد تطوراً جديداً في عالم الزراعة وتوفر الكثير من النفقات علي المزارعين ولا يحتاج إلى جهد كبير في العناية به ومتابعته مقارنة بالنباتات غير المعدلة وراثيا ويصبح النبات أكثر مقاومة للآفات، كما الهندسة الوراثية تساعد على مضاعفة انتاج المحصول ويصبح أكثر مقاومة لعوامل تغير المناخ والجفاف. وأكد أن المحاصيل المعدلة وراثيا تعد الحل الوحيد لمشكلة عدم الاكتفاء الذاتي من القمح في مصر وتحقيق التوازن المطلوب بين حجم الانتاج ومعدل الاستهلاك, وطالب وسائل الإعلام بتحري الدقة في تناقل المعلومات حول موضوع المحاصيل المعدلة وراثيا وعرض رأي المتخصصين والقيام بدوري إرشادي وتوجيهي في قضية المحاصيل المعدلة وراثيا. ومن جهة أخري رأى حسن أبو بكر الأستاذ بكلية الزراعة جامعة القاهرة إن من يروجون لنشر هذه المحاصيل يدعون أنها سوف تحل مشكلة الأمن الغذائي، مع أن العالم لا يزال ممتلئاً بمصادر الثروة الغذائية التي لم يتم استغلالها بعد، فمثلاً هناك 2500 نوع من أنواع الطحالب الغنية بالمكونات الغذائية والتي تجعلنا لسنا في حاجة للتعديل الجيني. و أكد أن مشكلة الأمن الغذائي يمكن أن تُحلّ بتغيير أنماط الاستهلاك الغذائي وإعادة توزيع الغذاء المُنتج علي وجه الأرض، وبين أبو بكر الفارق بين التهجين الوراثي والتعديل الجيني، حيث إن التهجين الوراثي هو تقنية استخدمها الفلاحون عبر مئات السنين، ولكن التعديل الجيني هو الأمر المستحدث وغير معروف مخاطرة بعد.
