أكد مصدر مسئول بوزارة الطيران المدنى أن بعض أهالى ضحايا طائرة مصر للطيران التي تحطمت قبالة الساحل الشرقي للولايات المتحدة عام 99 حصلوا على تعويضات من شركة التأمين تراوحت قيمتها ما بين 220 الى 350 ألف دولار، وليس كما ادعى البعض مبلغ 100 ألف دولار . ونفى حصول وزارة الطيران أو شركة مصر للطيران على تعويضات خاصة بالضحايا، مؤكدا انها من اختصاص شركة التأمين ، وأن كل نظام قانوني له أسلوبه لاحتساب التعويض, وليس من حقنا التدخل قانونا. وأضاف أن تفويض الجانب الأمريكي لإجراء التحقيق في الحادث يرجع إلي طبيعة مكان سقوط الطائرة علي بعد60 ميلا من الساحل الأمريكي وكذلك عدم توافر الامكانيات والمعامل المطلوبة لتحليل البيانات, وأنه تم تكليف لجنة مصرية فنية علي مستوي عال من طيارين ومهندسين تابعت واشتركت في جميع خطوات التحليل والتحقيق. جاء ذلك ردا على البلاغ الذى تقدم به بعض اسرضحايا طائرة مصر للطيران للنائب العام اتهمت فيه الفريق أحمد شفيق وزير الطيران المدني السابق بالاستيلاء على أموال التعويضات من شركة التأمين بلندن وأضافتها لشركة "مصر للطيران" التابعة لرئاسته.