وصف عدد من الخبراء والمتخصصين إطلاق سراح المتهمين في قضية التمويل الأجنبي بأنها نقطة سوداء في تاريخ حكم المجلس العسكري للبلاد حيث أكد المحامي خالد أبو بكر عضو الاتحاد الدولي للمحامين أن العسكري سمح لنفسه أن يتدخل في عمل القضاء ويطلق سراح متهمين علي ذمة قضية. وشدد أبوبكر في تصريحات خاصة "لبوابة الوفد" اليوم الخميس أن ما حدث أمر مخزٍ جدا وانتكاسة للثورة المصرية ويدل علي أن استقلال القضاء المصري في خطر, مؤكدا أنه كان من البداية مع حل القضية بعيدا عن المحاكم. وطالب أبوبكر المستشار محمد محمود شكري أن يكشف في مذكرة بصراحة وبوضوح أسباب تنحيه وماهي الضغوط التي مورست عليه من أجل تركها وما الجهة التي مارست هذه الضغوط ؟. ودعا مجلس القضاءء الأعلي لفتح تحقيق حول هذه القضية وإعادة النظر في منصب رئيس محكمة النقض، مؤكدا علي ضرورة أن يبدأ البرلمان في العمل علي إصدار قانون السلطة القضائية الذي يكفل للقضاء المصري حريته واستقلاله التام. ومن جانبه، أكد د.عبد الله الأشعل المرشح المحتمل للرئاسة أن المجلس العسكري أثار قضية التمويل الأجنبي لمنظمات المجتمع المدني وهو يعلم جيدا أنه لن يكمل فيها، مشيرا إلي أن القضاء المصري تورط فيها وبالاتفاق مع أمريكا أنهي الموضوع. كما أضاف أن ما جري يعد تخبطا ومن العيب أن يحدث وأنه يعد فشلا جديدا للسلطة، مطالبا بالمحافظة علي هيبة القضاء وتصحيح العلاقات مع الولاياتالمتحدةالأمريكية. واشار الأشعل إلي القضية كانت تسير في خطين الأول سياسي بين المجلس العسكري والولاياتالمتحدة والثاني قضائي يتمثل في التحقيقات، ولا يصح أن يتم تسوية الموضوع بالحل السياسي بعد دخول القضاء. وأشار الأشعل إلي أن مصر تعد مستعمرة أمريكية وفتح الملف في هذا الوقت يعد خطأ لأن مصر جرحها مفتوح وأيضا إساءة للعلاقات بين مصر والولاياتالمتحدة بدون مبرر خاصة وأن المجلس العسكري يعلم أن أمريكا لن تسمح بمحاكمة رعاياها في مصر، موضحا أن علاقة مصر بالولاياتالمتحدة علاقة حساسة قائلا " إن ما حدث بينهم يعد "خلاف عاشقين"، مشيرا إلي أن المجلس العسكري تأخر في حل القضية حلا سياسيا وكان يمكنه حل القضية سريا دون توريط وإهانة القضاء المصري، إن قضية التمويل الأجنبي تعد من أخطر الملفات وكان يجب علي المشير طنطاوي أن يلقي بيانا يوضح للرأي العام ملابسات القضية. علي جانب آخر، أكد المستشار أحمد مكي - نائب رئيس محكمة النقض السابق - أنه لا يتخيل أن يصدر قرار رفع المنع من السفر للمتهمين في قضايا التمويل الأجنبي من غير الدائرة التي تنظر القضية وفي حضور المتهمين، كما أن النيابة لا تستطيع رفع الحظر أو قاضي التحقيقات.