تتابعت ردود الأفعال تجاه الحملة التي تنادي بجعل الأزهر الشريف المرجعية الوحيدة بالبلاد لأن الأزهر اشتهر بوسطيته واعتداله، وطالب أصحاب الحملة بضرورة سن قوانين تؤكد هذه المرجعية الدينية وإعادة بناء المؤسسة وضرورة استقلالها عن السلطة حتى يثق فيها الناس وتعود للمؤسسة قيمتها وهيبتها كما كانت فى الماضى. فيقول عصام أبو العزايم شيخ الطريقة العزمية إنه يؤيد هذه الدعوات وأنه مع هذه الدعوات قلبا وقالبا، فهو حلم يتمنى تحقيقه وأن كان يشك فى تطبيقه في القريب العاجل، مشيرا إلي أنه دعا إلى ذلك منذ بداية الثورة. وأوضح أبو العزايم أن مكانة الأزهر كمؤسسة عالمية تؤهله لذلك فهو ليس مرجعية لمسلمي مصر فقط وإنما للمسلمين حول العالم، مضيفا أنه مرجعية للسنة والشيعة على وجها سواء وإذا حدث خلاف بينهم يتم الرجوع إلي المؤسسة الدينية المختصة بذلك وهي الأزهر الشريف. وطالب أبو العزايم أن يكون الأزهر الشريف المرجعية الوحيدة خاصة بعد دخول الدين فى السياسة، ووجود حالة من فوضى الفتاوي التي تخدم أهداف بعض التيارات الإسلامية، مشددا على وضع قانون يحافظ على وسطية الأزهر حتى لا تتطاله أيدي التيارات المتشددة. ويرى الشيخ جمال قطب رئيس لجنة الفتوى الأسبق بالأزهر أنه لا مانع من هذه الدعوات وذلك في حالة التغيير الكامل لقانون الأزهر وإعادة بنائه على أسس جيدة تجعل له مكانة في القلوب والعقول . ويشير قطب إلى أبرز معالم التغيير المطلوبة هو جمع المساجد والأوقاف والإفتاء والمعاهد الأزهرية في مؤسسة واحدة . ويرى الدكتور محمد نور المتحدث الرسمي باسم حزب النور أن الأزهر بالفعل هو المرجعية العليا بالبلاد والجهة المنظمة للاجتهاد، ولكن ليس من حق أحد أن يمنع اجتهاد العلماء فهو حق لهم بنص الشريعة. ويقول الدكتور كمال الهلباوى المتحدث السابق باسم جماعة الإخوان المسلمين بالخارج: لاشك أن الأزهر الشريف برجاله الثقات وتاريخه الحضاري العظيم يستحق أن يكون المرجعية الأولى ولكننا في ضوء ظروف "سايكس بيكو" التي مزقت الأمة الإسلامية لا نستطيع أن نحدد مرجعية واحدة للأمة الإسلامية. واستدرك الدكتور الهلباوي قائلا: ولكن المستقبل وخاصة في ضوء القرارات الجديدة بشأن اختيار شيخ الأزهر وليس تعيينه واختيار هيئة كبار العلماء، والانفتاح على الأمة الإسلامية، والسعي لتوحيدها سيأتي اليوم الذي يكون فيه الأزهر صاحب المرجعية الأولى وخصوصا عندما تكون هيئة كبار العلماء ممثلة للأمة الإسلامية جغرافيا وعلميا وممثلة للمذاهب الإسلامية المتعددة. أما الدكتور محمود غزلان المتحدث الرسمى باسم الإخوان المسلمين فاعتبر أن الأزهر هو المرجعية العلمية لأهل السنة في العالم الإسلامى، مشيرا إلى أن به نخبة من العلماء هم أساس المرجعية لأهل السنة في العالم الإسلامى. وأوضح غزلان أن تنوع علماء الأزهر ما بين أنصار المذهب النصي وأنصار المذهب العقلى وبين من هم يرون إعمال الرأى أو الالتزام بالنص، هو ما يجعل الأأزهر مؤهلا لقيادة المرجعية الإسلامية. ودعا غزلان إلى تحرير الأزهر من هيمنة السلطة الحاكمة، معتبرا أن تدخل السلطة في شؤون الأزهر قد يسفر عن اهتزاز قيمة الأزهر. وأكد المتحدث الرسمى باسم الإخوان المسلمين بالخارج أن أولى الخطوات التي يجب إتباعها لتحرير الأزهر تتمثل في إعادة تلك الأوقاف التي أممها الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، وإيجاد الموارد الخاصة للأزهر لدعم استقلاليته وتحركه لنشر المفاهيم الإسلامية الوسطية الصحيحة. ومن جانبه، أكد المهندس عاصم عبد الماجد المتحدث باسم الجماعة الإسلامية أن الجماعة موافقة على مرجعية الأزهر الوحيدة للمسلمين، بمعنى أن يرجع إليها عند الاختلال. وأضاف أن ذلك يتم من خلال تحرير الأزهر من قيود السلطة التنفيذية وجمع كل المؤسسات تحت سلطته مثل الأوقاف والإفتاء ويتم تحرير الأوقاف من قبضة النظام.
