انتقد جورج حبيب بباوي عميد معهد الدراسات اللاهوتية بولاية إنديانا بالولايات المتحدةالأمريكية قرار المجمع المقدس بفصله من الكنيسة القبطية واصفا إياه بأنه يفتقد الشرعية ولا يكتسب قوة القانون الكنسي. وأوضح بباوي – بحسب المصري اليوم - أن الاتهامات الموجهة إليه عامة وغير محددة وأن محاكمته كانت غيابية ولم يتمكن من الدفاع عن نفسه. ونفي بباوي أن يكون قد اتهم البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية بالكفر أو الهرطقة مشيرا إلى إنه ينشر تعليم غير آبائي وغير أرثوذكسي ويردد آراء «نسطور وآريوس»، وهما من مشايخ الهرطقة، كما يتبع الفكر الشعبي والآراء الشخصية. وأضاف بباوي أن الخلاف بينه وبين البابا شنودة قديم ويعود إلي أواخر فترة حكم الرئيس الراحل أنور السادات مشيراً إلي أن هجوم شنودة علي السادات وضعه في خندق واحد مع جماعات التطرف المسلحة ضد الحكومة. واعتبر بباوي الأب متي المسكين أول حلقة في العودة للتراث القبطي المصري بينما اعتبر شنودة وبيشوي أنهما يمثلان الفكر الشعبي الشائع. وفي سياق متصل تباينت ردود فعل رجال الدين ومفكرين أقباط حول قرار المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية بفصل بباوي. وقال القس يوحنا نصيف شرقاوي، راعي الكنيسة المرقسية بالإسكندرية: إن بباوي استحق الفصل لسببين: الأول تعاليمه المنحرفة، والثاني اتهامه للبابا شنودة بالكفر. وأضاف أن الكنيسة لا تحجر علي رأي أحد، لكنها تحمي العقيدة ومن ينحرف عنها يتم فصله.